近年来，我国装备自动化取得了长足的发展，在石化、冶金等行业都有了突破性的进展，但是我国装备自动化存在的主要问题仍存在诸多问题。
自主创新能力低下，自主知识产权匮乏。具体表现在国产高端自动化产品奇缺，市场竞争力不强。2004年，我国国产控制系统为3240套，占61%，但国产高端控制系统的市场份额只占5%;与装备自动化系统配套的国产智能变送器，2004年的市场占有率为27%，但高端智能变送器不到5%;特别适合于大中型装备的成套专用控制系统或成套专用优化系统，2004年国产系统的市场份额达到30%，但国产高端成套专用控制系统或优化系统几乎为零。
产品性能存在差距，进入重大工程困难。我国大部分控制系统由于在高可靠性、高稳定性、高环境适应性，以及数字化、智能化、集成化等方面，与国外先进产品存在较大差距，同时由于政府认识上的原因，国产控制系统进入我国重大工程的关键装备、核心装备、主体装备十分困难，绝大部分被国外控制系统所垄断。如核电装备，在秦山核电站、大亚湾核电站等应用国产控制系统25套，但全部都在外核。又如石化装备，在大型炼油厂、大型化工厂等应用3000余套，但在核心装备上应用的还不到50套。
控制系统“中间强，两端弱”的现象十分严重。国产装备自动化系统中的主控系统，研发力量强大，投入资金充足，技术成果丰富，产品质量较高。但是作为控制系统的两端——变送器和执行器，长期以来投入严重不足，研发力量单薄，产品质量低下，我国自行设计制造的智能变送器在国内市场占有率只有国外产品的十分之一，智能执行器更是如此。与以微型化、数字化、智能化、集成化、网络化为特色的，以高精度、高可靠、高适应为目标的，体积小、重量轻、成本低、功耗小的高质量产品相比较，有着很大的差距。
公用工程大型装备自动化控制系统十分落后。公用大型工程装备指的是大型工程机械装备、大型矿山机械装备、大型口岸工程装备、大型交通工程装备、大型城市工程装备等，长期以来，资金投入不足，研发力量薄弱，缺乏现代控制理论、方法、技术的融入。我国自行设计制造的大型挖掘机、大型摊铺机、大型装载机等重大装备，控制系统绝大部分由国外提供。我国自行设计制造的大型注塑机、大型综合机床等重大装备，成套自动化系统都由国外提供。这些因素严重影响我国装备制造业的快速发展。