国外烟草行业以客户为中心的物流信息系统建设起步早，水平高，相对比较成熟，涵盖的内容非常丰富。相比之下，我国烟草行业物流信息系统建设虽然经过近二十年的发展取得了长足的进步，然而在行业日新月异的发展过程中，一些长期积累的深层次问题逐渐凸现出来，成为影响行业向现代物流转变的严重障碍。集中表现在以下几个方面：
一是各省 （市）烟草物流发展不平衡。从全国范围来看，东部沿海省市物流信息系统建设的水平较高，中部特别是西部的建设水平则相对落后，还处在第二阶段。在2009年烟草行业网络建设现场会上，江苏省徐州市向全行业展示了以设备控制系统、运输管理系统、仓储管理系统、卷烟打码系统、物流管理系统、营销管理系统为子系统的物流信息化系统，实现了信息流、资金流和物流的统一，使卷烟采购、入库、仓储、分拣、配送各环节都实现了精细化管理，确保了流程自动化、管理数字化。
二是认识不清。一些商业企业，把信息化建设仅仅理解为简单的操作，没有意识到信息化建设是一项系统的、复杂的工程，导致系统根本无法为管理层提供有效的决策依据，也无法为计划的制定提供及时正确的信息。
三是开发不到位。在行业物流发展已经从“建物流”到“管物流”转变过程中，缺乏整体考虑，系统思维。所开发的系统功能有限，各环节信息沟通不畅通，缺少本系统、跨系统甚至跨行业的整体规划与合理利用，缺乏覆盖整个全局的全面集成的信息系统，存在严重的“信息孤岛”现象。
四是物流标准化水平落后。统一标准的缺失影响了物流一体化和信息化建设，造成货物流通和信息交换不畅、流通环节多、速度慢、费用增加，降低了物流系统的效率和效益，制约着烟草物流体系的快速发展。
五是资源未能实现优化组合。行业现有商业企业的物流信息系统建设多是以本企业为中心，单独开展物流业务，与工业企业信息系统的整合不够，与供应链上游的供应商没有实现充分信息共享，在物流的各个环节也是各自为政，缺乏整体规划，经常出现“跑空车”的现象。例如，笔者所在省份的一家商业企业，当前用到的物流信息系统有七八个，分别由不同的软件开发商开发，也就导致软件之间的协调性、数据之间的交互，存在很大的问题。