通常，一项重大的改革政策，尤其是和13亿人息息相关的改革，都会发生重大的利益格局的调整，本次医改也不例外。根据改革方案，有关机构对今后5~10年的医疗行业格局试做一预测：
1.新医改将深远影响医疗市场格局，参与者对行业的影响力将出现重大变化，商业保险公司可以创办医疗保险机构以补充社会统筹的不足，国家基本药物制度将削减医药企业的利润导致大量低端医药企业被淘汰，保险公司将更深入地参与到游戏中并可能控股部分医院。
2.公立医院的影响力将逐步下降，私营医院影响力将大幅提高，随着人才流动力度的加大，最终除了医学院附属医院由于技术遥遥领先而占据竞争优势外，普通公立医院将逐渐失去与民营医院的竞争优势，原因在于民营医院有灵活的激励机制和留人机制。
3.未来几年将出现更多的医院类上市公司，无论是IPO还是借壳上市。但由于医院行业缺乏成熟的职业化经理人体系，这个市场需要5年左右的时间进行培育，因此在5~10年后才会出现巨型医院集团，医院行业将在5年后开始大规模整合。
4.随着金融行业向医疗行业渗透，甚至入局参加游戏，产业金融公司将应运而生，医院行业的金融控股公司或许会出现。