如何高效地提取完整、纯净的DNA用于后续研究是生物技术工作者一直关注的问题。
众所周知,DNA主要存在于细胞的细胞核中。
以植物为例,要获得纯净的DNA,需要先对植物细胞进行破碎,而许多富含多酚、多糖等次生代谢产物的植物细胞一旦破碎后,细胞中的多酚类化合物极易发生氧化、褐变,并与DNA粘附在一起,使得从这类植物中提取完整性好、纯度高的基因组DNA变得异常困难。
就如同从一个完整新鲜的鸡蛋里获取纯净的蛋黄。蛋壳相当于植物细胞的细胞壁,蛋黄相当于植物细胞的细胞核。提取过程中,首先要破碎鸡蛋壳,一旦蛋壳破碎,鸡蛋中的蛋清就会释放出来,而不利于获取蛋黄。
该技术的不成熟,严重制约了对植物在遗传多样性检测、基因型鉴定等方面的后续研究工作。所以,研制一种多酚类植物基因组DNA提取纯化方法显得尤为重要。
由中国测试技术研究院生物研究所承担的国家科技支撑计划项目GB/T30988-2014多酚类植物基因组DNA提取纯化及测试方法,着重解决了该问题。
研究方法 打破常规
目前常规的基因组DNA提取方法,一般采用手工研磨的方式破碎植物细胞。
这种研磨方式耗时长,效率低,温度和细胞破碎程度难控制,在研磨过程中极易发生多酚的氧化;提取的基因组DNA不完整,质量稳定性、重复性差。
本项目研究方法,首先在细胞破碎方式上进行了改进,采用冷冻研磨机进行机械研磨,确保能在低温环境保护下,快速、均匀地破碎细胞,解决了细胞破碎后易氧化、褐变的关键难点。
同时在提取液中加入β-巯基乙醇等抗氧化剂进一步防止了多酚类化合物的氧化,经过多次纯化后有效去除了多酚、多糖、蛋白质等杂质。
研究结果 国家标准
研究结果显示所提取的基因组DNA完整性好,纯度高,完全能进行后续的酶切和聚合酶链式反应(PCR)。该方法经过系统性的方法学考察,表明该提取方法稳定、可靠、重现性高。
经国家标准化管理委员会批准发布为国家标准(GB30988-2014《多酚类植物基因组DNA提取纯化及测试方法》),大大提高了该方法的适用性,为后续在遗传多样性检测、基因映射、基因型鉴定等相关方面的研究工作奠定了基础。