２００２年７月，日本内阁总理大臣主持召开了首次“生物技术（ＢＴ）战略会议”，着手制定国家生物技术战略，并以２００１年不同领域推进战略为基础，围绕生物技术的实用化及产业化，对如何推进今后５年生物技术研发提出了具体对策。于２００２年１０月出台的生物技术研究开发推进战略的基本框架由五大部分组成：
一、总体构思
１.目标及重点领域
①明确生物技术给人类社会带来的益处，并推进其重点领域的研发：
•提高国民健康水平；
•构筑循环型社会；
•确保粮食安全及稳定供给；
•增强产业竞争力。
②加强基础研究，形成高质量的研究成果，强化制度及体制的创新，有效推进生物技术的研究开发。
２.在制定生物技术战略时，应充分考虑到其安全性及生命伦理等社会问题。
３.生物技术研发战略的实施将有助于提高生物技术的整体水平，解决粮食及地球变暖等带有全球性的问题。
二、推进生物技术研究开发的对策
基本设想：确保基础性研究与实用性项目研究的同步实施；进一步增加竞争性资金的投入；不断增加生命科学领域的研发经费。
１.交叉学科领域的研发（生物技术、信息技术及纳米技术间的融合）。构筑跨系和跨学科的研发体制，充分发挥日本在电子学、纳米材料学等方面的优势，开发尖端生物技术分析仪器。
２.产学官的联合。强化产学官的联合，积极推进大学的改革，在项目选定时，应有产业界有关人士的共同参与。
３.培育风险企业和形成生物技术密集型群体。完善鼓励创业的税制，加强生物技术企业孵化器等建设。
４.促进知识产权的保护及利用。对有望取得知识产权的项目，进行战略性研究，建立有助于知识产权取得的激励体制等。
５.推进临床研究。完善研究体制，制定相关的临床研究规章制度等。
６.加强人才培养，确保高素质的人才队伍。大幅度增加大学及研究生院专修生命科学的在学人数，吸引高素质的海内外高素质人才。
７.充实基本研究条件。建立生物遗传资源库，制定相应的日常管理及资源共享体制，尤其要加强与拥有丰富生物资源的东南亚等国的合作。
三、研究开发体制的改革
１.构筑有效推进课题立项与研究开发的新体制。
２.生物技术的研发要注重整合性，强化综合科学技术会议的功能与机制。
３.明确项目的目标、研究重点、进展及责任制，进一步强化项目负责人的权限。
４.改革大学等的研究体制，提高研究水平，鼓励人才合理流动及年轻研究人员的独创性。
四、确保安全性、国民信任和生命伦理等措施
１.对风险实施科学评估，并制定及实施相应措施。
２.通过各种媒体及说明会，加大对生物技术及其安全性等科学知识的普及。
３.通过学校教育及社会教育，提高国民对生物技术的认识，构筑国民能自我判断生物技术风险与益处的体制。
４.各省厅切实实施有关生命伦理等研究及审核制度。
五、重点领域的具体目标及课题
１.提高国民健康水平的研发
①个性化治疗
•实现按个人特性（如癌症、肥胖、高血压及心血管疾病等）而实施的个性化治疗；
•ＳＮＰＳ和药剂反应的大规模解析，开发实用性ＳＮＰＳ的解析技术，加强对个人遗传信息保护法的研究。
②再生医疗及基因治疗
•为了实现再生医疗的治疗法，确立干细胞分离、培养及分化诱导技术，制定安全性、伦理性的操作指南；
•基因治疗安全性体制等基础性研究。
③确立新药研发的后基因组研究
•确立利用基因组及蛋白质结构等研究成果的新药研发，开发出划时代的新药；
•推进蛋白质构造、功能以及蛋白体等的解析。
④医疗及诊断器械的开发
•建立低伤害性的手术实施体制，开发超早期的诊断器械及新医疗技术所必须的器械；
•构筑医学、理学及工学等有效的合作研究机制。
⑤维持人类健康，加强功能性食品的开发及利用
•加强有助于维持人类健康的功能性食品开发及普及；
•对维持人类健康的有效成分进行科学分析，健全功能性、安全性的审核制度。
２.构筑循环型社会的研究
①推进环境生物修复技术
•开发利用生物机能来净化二恶英及三氯乙烯等有害物质的净化技术；
•对实用性净化技术的田间试验给予资金上的扶持，确立安全评价标准，并制定统一的操作指南等。
②推进生物能的利用
•构筑最大限度的利用生物能的体系；
•开发将生物能高效率转化为能源及有关制品的技术。
③生物生产过程的物质生产
•研究物质生产过程由化学性生产过程向生物功能性过程转变的同时，利用生物工厂，实现新材料的生产；
•加强对未开拓生物遗传资源的利用及基因组解析、生物工厂的生产技术研发及实用化。
３.确保粮食安全及稳定供应的研发
①利用转基因技术的作物新品种开发
•为了提高粮食供给能力，应提高社会对转基因作物的认可度；
•不仅要开发出具有抗病性的作物新品种，而且要开发出消费者能接受的转基因作物。
②确保食品安全的研发
•为了确保食品的安全，综合推进利用生物技术的食品安全性研究；
•开发出对有害微生物检测及污染防止技术，引入食品生产流通履历可跟踪技术等，提高食品安全性评价技术。
推进战略的特点
据日本生物战略会议预测，到２０１０年世界生物技术的市场规模将达２３０万亿日元（约１.９万亿美元），日本国内的市场规模也将达２５万亿日元（２０００亿美元），各国间的竞争日趋激烈。２００２年日本在生命科学相关领域的研究经费投入约４４００亿日元（约３６.７亿美元），生物技术领域的预算占科研总预算的１３％左右，而美国生物技术领域的预算已占科研总预算的近４０％，日本自感不如。为此，日本政府将加大对生物技术领域研究的政策倾斜，并提出５年后日本生物技术领域的研究费是现在的２倍，将达８８００亿日元（约７３.３亿美元）。新药的审核周期由现在的５至７年缩短到２至４年。虽然日本在某些基础性研究上取得了较大进展，但整体上还略逊于美、欧美生物技术强国。从该推进战略中，可窥视出以下几大特征，一旦有所突破，日本的竞争实力将非同一般。
一、在各省厅联合的基础上，强调项目的整合性。进一步发挥综合科学技术会议特有的跨省厅协调功能，从政策上主导日本生物技术研究开发的综合实施。
二、注重创出更多划时代的新成果，并形成自主知识产权。对有助于新药开发的有用基因，加速基因专利的取得。随着基因组序列解析的成功，日本将研究重点转移至与产业竞争力有直接关系的后基因组、再生医疗、基因治疗等研发上。
三、客观、公正、中立的立项审核及评价体制。日本借鉴美、英等国在科研经费及课题立项的成功做法，将于２００３年引入ＰＯ制度，改变原有的官僚主导型评审制，对公开招标的科研项目的立项审核由一线研究人员任项目终审官，对申报项目的实施与否有最终的决定权。ＰＯ制度的人选将从出一流成果的研究人员中遴选，派往有关省厅和相关法人机构直接主持项目的评审。
四、设立中小企业技术革新制度，培育风险型创新企业。因生物技术的研发具有高风险性，营造允许失败的社会氛围，最终将有助于生物技术研究水平的提高。为此，日本政府提出在东京地区及关西地区形成两大生物技术密集型研究群。
五、加大生物技术、信息技术和纳米技术间的交叉融合研究，开发新一代单分子纳米生物图像处理及生物芯片等尖端分析诊断仪器，实现商业化。
六、利用生物机能的物质生产及环境修复技术。由文部科学省、农林水产省、经济产业省、国土交通省、环境省联手于２００２年７月制定了生物能利用综合战略，以构筑循环型社会，减少对环境的污染，确保可持续发展。
七、生物遗传资源的收集、整理及数据库的建立。在生物多样性条约的框架下，重点加强与东南亚拥有丰富生物遗传资源国家间的合作。
八、加强转基因技术的研究。选育具有抗逆性、高附加值的作物新品种，努力提高社会对转基因技术的认可度。在加强食品安全性技术研发的同时，重点开发功能性保健食品。