中药是中华民族的文化瑰宝，但在世界中草药市场中，我国仅占５％的市场份额，一些国家将我国出口的中草药原材料进行现代化深加工后再返销我国，我国进口的“洋中药”甚至超过“本土中药”的出口。
上海中药创新研究中心主任惠永正无不担忧地说，在竞争激烈的国际医药市场，靠化学方法研制新药之路几乎已经走到尽头，国际医药巨头正不约而同地将目光投向中药市场，加快我国传统中药的研究创新已刻不容缓，没有创新，就没有自主的知识产权，也就没有市场。但面对“虎视耽耽”的国际医药巨头，加速我国的中药现代化进程存在三大隐忧：
一忧：研发投入“杯水车薪”。
中药走向现代化最大的障碍在于标准化，为搞清楚中药的药理、作用靶点、临床功效等科学数据以及标准化生产工艺，美国、欧洲、日本、韩国等纷纷在中药研发领域投了入巨额资金，仅美国国立卫生研究院每年的中药专项研究经费就高达上亿美元，美国企业和基金组织的经费投入就更多，全球已有１００多个国家和地区建立了各种类型的中医药机构，一些实力雄厚的医药巨头将中药新药研发机构建在了我国的原产地。
相比较而言，我国在中药新药领域的研发投入无异于“杯水车薪”，我国作为市场竞争主体的中药企业，多数是近十年来发展起来的，资产规模偏小，创新能力较差，近年来中药的生产工艺虽有一定提高，但离现代化医药工业优质、标准的生产要求还有很大差距，尚未从根本上摆脱“作坊式”的生产局面，缺乏统一、严格的标准规范。
“多年来的实践证明，实施中药现代化，还必须要有中药创新体系主力军作用，包括组织机构、人才和技术支撑。”广州医药集团总经理李益民深有感触。目前，广州医药集团已搭建了一个大型的科技平台，下有６个科研机构，涵盖了中药、化学药和生物制药三大领域的研发，仅“十五”头三年该集团的科技投入就达到７．７３亿元，与此同时去年的销售收入也突破１００亿元。
二忧：资源过度开发。
我国中药的出口多以原料药材廉价卖出，附加值低，成药比例不足３０％，而占世界中草药市场份额９０％的日本和韩国，其所用的中药原材料８０％都是从中国进口的。由于过度采挖，以及放牧、大面积砍伐森林、城市化加速等原因，我国中草药资源正在大幅度减少。
全国政协委员、糖尿病专家冯世良博士曾经忧虑地指出，内蒙古曾经是世界重要的甘草产地，过去在内蒙古甘草随处可见，但如今有２／３的地方甘草已经绝迹，剩下的１／３也是量少质差。而用万吨巨轮装载的甘草，价格只相当于其提取物“生胃酮”的１／１２０。
更为令人忧虑的是，近年来，日、美、德等国不仅对我国中药材进行掠夺性收购，还大肆掠夺我国中草药的基因资源，使中草药的知识产权保护更为困难。利用各种民间交流、商务考察甚至旅游的机会，许多外商正加紧搜罗我国民间的中药秘方和偏方。我国一家藏药集团董事长到日本一家汉方制药企业进行考察时，震惊地发现，日方掌握的藏药资料几乎和中方收集的差不多。
许多专家认为，应将中草药资源的保护纳入我国的可持续发展战略，强化全民对中草药保护的意识，严禁乱采滥挖、毁林开荒、过度放牧等破坏中草药资源的行为；在中草药资源丰富的省份和地区，应建立植物园等人工保护园区进行活体引种保护；有条件的地方建立低温、低湿的人工种质资源库，对中草药的种子、果实、花粉、无性繁殖等活体材料进行保存；大力实施“绿色中草药工程”，解决中药材、中成药的农药残留量高、重金属超标等问题。
三忧：知识产权意识淡薄。
中药知识产权问题涉及的范围很广，包括商标、专利、商业秘密、行政保护等诸多方面。对于药品来说，商标不仅是商品和企业的象征，还可以作为药品是否合法经营的依据。药品的注册商标对于企业创名牌、提高市场竞争力有着重要意义，例如同仁堂、达仁堂等知名商标，在消费者与同行中都有良好的声誉。
但我国许多中药企业不注重中药商标的注册，名牌流失严重，商标权与企业名称权冲突、药品通用名称与商标混淆等问题普遍存在。据调查，我国平均４０家企业才有１家企业注册商标，一些企业商标过期后不续展，致使商标在国外被抢注后再花高价将商标购回的教训屡见不鲜。
中药在国内和国际上的知识产权保护，直接关系到我国中药现代化事业是否顺利发展，目前我国在中药的专利保护方面存在审批周期长、保护期限相对于中药品种保护短、侵权事实难以认定等诸多问题，一些地方政府的行政保护也没有与国际上的通用做法接轨，理顺药品知识产权保护法律规范的关系，已成为当务之急。