日本多数地区降水丰富，还经常遭遇台风带来的强降雨，因此东京、大阪等大城市十分重视防涝问题。一方面重视城市规划，充分发挥城市水系的防洪功能，增加市内绿地和砂石面积以吸收雨水；另一方面长期投入大量人力、物力和财力，建设较完善的城市排水设施。目前，东京等地的下水道系统已进入新的建设阶段，着重增强设施的可靠性、环保性和多功能应用。
排水工程建成后浸水房屋减少
东京和大阪等城市多河流，以东京为例，不仅主要城区周围有江户川、荒川等较大河流，城区内还有目黑川、涩谷川等小型河流。为防止城市内涝，东京充分利用城市水系的防洪功能，让大量降雨流归河道，典型例子就是“首都圈外围排水工程”。
这一排水工程由日本政府国土交通省建设，于1992年开工，2002年部分发挥作用，2006年完工，总投资2400亿日元(约合180亿元人民币)。工程主体包括总长6.3公里、内径10米的地下管道，五处单个容积约为4.2万立方米的储水立坑，以及一处人造地下水库。
为防止当地中小河流在强降雨时漫水造成内涝，并充分利用中小河流的溢洪功能，在当地中小河流的适当位置修建储水立坑。立坑之间由地下管道相连，管道最终通向位于东京都附近河流江户川旁边的地下水库。
水库容积约有数十万立方米，可以起到存蓄洪水的作用。水库还装有四台由航空发动机改装的高速排水装置，单台功率达14000马力，全部开动时，可以200立方米/秒的速度向江户川内排出洪水。
在出现强降雨天气时，城市内部的下水道系统将雨水排入附近中小河流，中小河流水位上涨后溢出的洪水则进入立坑和管道，最终流入江户川。
整个工程一方面具有庞大的蓄洪容积，系统总储量为67万立方米，另一方面又有很强的泄洪能力，因此一投入使用即发挥巨大作用。在建成后的当年，该工程所在流域雨季浸水的房屋数量即从最严重时的41544家减至245家，浸水面积从最严重时的27840公顷减至65公顷，对于东京都东部及外围地区的防洪发挥了重要作用。
日本各地政府很重视在城市规划过程中保留河道和湖泊，为城区蓄洪溢洪留足空间。在东京市内，除了河面在20米左右的目黑川等河流，还时常可以看到河道宽度仅有三至五米的小河，其河道被下挖硬化，岸壁较高，连接邻近地区的雨水管道，蓄洪泄洪能力较强。
在东京等大城市，城市规划部门还重视绿地、砂石地面的吸收雨水作用，尽量减少地面硬化面积。近年来，日本不少地方政府把路面逐渐改变为环保的透水沥青。在一些公园的小广场、水池等设施下，还建有小型的蓄水池，容积通常为数千立方米，用于雨季存水。
投巨资完善下水道设施建设
日本地方政府普遍把下水道设施的建设和管理作为重要事务，并投入大量资源。以东京为例，东京都的城市下水、排水设施由公营企业“东京都下水道局”负责。下水道局是东京都政府仅有的三家主要公营企业之一，另外两家分别是运营部分地铁线路的交通局和负责自来水供应的水道局。
东京都下水道局注册资金达4.16万亿日元(约合3120亿元人民币)，拥有约3500名员工，每年财政支出约合人民币520亿元，其中设施建设费用约合人民币100亿元，设施维护费用约合人民币120亿元。人力、物力和财力的巨大投入，是东京建设完善下水管网系统的基本保障。
目前，东京都的下水道总长度已达1.58万公里，市内各处建有20处污水处理设施，日污水处理能力达556万立方米。如今在东京，强降雨有时仍会引发个别地区的小型内涝，但在中心城区不至于内涝成灾。
为了能够长期维持投入水平，日本中央和地方政府采取了多种措施。在东京，下水道局每年可从国家财政、东京都政府和基层政府获得约合70多亿元人民币的补贴；每年可以发行大额企业债(2010年度约合95亿元人民币)，以未来收取的下水道使用费等作为偿债保障；每年可收取约120亿元人民币的下水道使用费。
由于连年的巨额投入，下水道局年收入的一半以上都要用于还债或支付利息，未来很可能被迫上调下水道使用费。
在东京等大城市，市政部门在解决下水道全面覆盖问题后，已进入新的建设阶段。一方面提高下水道工程质量，力争全面消除“内涝”现象；另一方面以更高标准建设、利用下水道管网及设施，实现“可靠”“环保”和“多功能”。
东京都下水道局的具体做法有：加强抗震能力，确保下水道设施在地震时仍可使用；利用下水道管网铺设光缆，提供通讯服务，收取费用填补财源；建设环保型污水污泥处理设施，进一步提高排水口周边的自然水体水质，并利用循环水补充城市水系水源；利用污水处理设施修建城市休闲空间，例如，在部分占地较广的地下污水设施所在地，下水道局利用地表空间修建了公园、游乐场以及球场等。