截至目前，深圳保税区已有仓储企业116家，包括国际物流企业和企业集团的跨国采购配送中心。园区的仓储物流企业已由过去的简单仓储业务，发展成为集仓储、包装、分拨、配送、物流信息处理等功能于一体的现代物流企业。
从今年6月开始，深圳海关延长福田保税区、盐田港保税区周一至周五的通关时间，并增加周六、周日通关，同时该关还为享受便捷通关和便利直通车服务的守法大型企业提供节假日预约通关服务，基本实现保税区全年无假日通关。据统计，仅延时通关当月，保税区海关监管货物量及通关车次分别比上月增长36％和27%。
国际物流企业入驻保税区，带来了生产零库存、网络订单、在线结算、供应链管理、深度分销等新型物流管理模式。为了积极适应新型物流业务需求，深圳海关加强对现代物流业功能拓展产生的新型海关监管业务研究力度，对大型物流企业提出的特殊监管需求予以研究，尝试新型监管模式，实现海关监管与物流企业功能延伸同步发展。
深圳海关在福田保税区与香港直接相连的一号通道安装了自动核放系统，并开通自动核放系统夜间申报功能，实行24小时网上申报。该系统实施以后，通道闸口实行无纸化验放，进出车辆通过闸口的时间，由过去的两到三分钟缩减到现在的几秒钟，企业通关更为便利、快捷。
同时，该关还在福田保税区进出区通道增设信任通关通道，为大型高科技企业及其区内第三方物流企业的出区货物实行预约式验放，有效提高了物流企业配送时效性，为高信用等级企业提供更加便捷的通关服务。