建设部副部长仇保兴在近日召开的全国城镇污水处理交流研讨会上说，目前城市污水处理存在的问题主要体现在以下七个方面。
一是管网收集系统建设滞后，特别是有些城市中心区雨污分流还没有实现，污水处理设施 难以充分发挥效益，污水处理设施建成以后，正常运行的可能只有50%，满负荷运行的更少，原因就是管网收集不到位，这方面除了国债资金发挥率比较低，更重要的是许多地方把管网看成地下工程，而污水处理厂可以作为表面性的形象工程，导致这方面建设不配套。
二是部分污水处理厂超标准建设，规模不切实际，占地过大，附属设施豪华，有的污水处理厂污水处理率不足20%，但是办公楼非常豪华，也有些污水处理厂热衷引进昂贵的设备，造成浪费。
三是污水处理收费不到位，难以形成建设－经营完善的良性循环的投资机制。
四是运行管理政企不分，效率低下、监管缺位的局面亟待改进。
五是一些企业排入下水道的污水严重超标，致使城市污水处理厂不能正常运行。
六是我国城市污水处理技术线路比较单一，设计思想存在僵化的现象，比如三峡库区有些污水处理厂，处理工艺没有因地制宜，而是按照平原地区的设计方案生搬硬套。
七是农业、工业污染，尤其畜牧业污染，集中养猪、集中养牛的污染越来越严重，使得污水排放严重超标。