黑龙江省自动化系统工程公司成立于1989年，是研究所对外承揽工程项目及开发自动化产品的高新技术企业，通过了ISO9001：2000质量体系认证。具有黑龙江省公共安全技术防范工程资质及电子工程承包安装资质。主要从事电子工程、自动化工程、安防与监控、物联网技术等项目的技术推广、成套安装，具备较强的工程实力。多年来承担了200余项国内外工程项目，其中多个工程项目获得省部级奖励，并受到国内外用户的广泛好评。
黑龙江省科学院自动化研究所、黑龙江省自动化系统工程公司同国内外几十家企业和单位建立了横向业务关系，建立了多个科研生产联合体。为我国的经济建设做出了应有的贡献。