近年来，我国电力行业积极转变发展方式、调整电源结构，坚持走清洁、绿色、低碳发展之路，为社会经济发展和生态文明建设作出了重要贡献。虽然在清洁、绿色、低碳发展方面取得了较好成绩，但与国家对电力企业的环保要求相比，还有较大差距，清洁发展之路仍面临艰巨的任务和挑战。目前遇到的困难和问题主要有以下五个方面：
一是清洁发展理念还没有真正根深蒂固。受长期计划经济、粗放发展模式影响，部分电力企业的思维模式还没有真正从规模思维中走出来，对内涵式发展、核心竞争力培育、做好做优还重视不够。
二是节能环保资金缺乏，清洁发展战略实施受到制约。受“市场煤，计划电”影响，五大发电集团火电板块连亏4年，累计亏损达921亿元。因此，在环保设施、节能技改等前期投入方面缺乏资金投入和保障，清洁发展战略的实施受到较大影响。
三是电力企业承受能力有限。国家对火电污染物排放的控制力度日益加大，脱硫、脱硝、除尘等一系列设备改造及运行维护费用高昂，导致企业成本增加，负担加重，短期内无法弥补。
四是新能源发展遇到瓶颈，相关改革配套措施没有到位。国家支持新能源发展的利好政策，在刺激新能源井喷式发展的同时，也带来了新的问题。首先，发展太快，市场过剩。2008年新能源发展刚刚起步时，由于数量少，政策支持力度大，经历了三年多的发展“黄金期”，从2012年开始，新能源发电市场已经饱和甚至过剩，比较典型的如风电、光伏发电等产业，在经过快速扩张后，造成较为严重的低端同质化竞争后果，整个行业面临重新洗牌。另外，受制因素多，效益未达预期。例如水电受移民、环保因素影响造价暴涨；核电安全性受质疑，难获资质，发展受阻；太阳能热发电核心技术未成熟，发电成本高昂等。其次，相关制度措施没有到位。
新能源发展缺乏通盘考虑和整体规划，产业规模化、标准化方面还有很长的路要走。
五是科技研发投入不足，节能环保核心技术水平偏低。与发达国家相比，我国电力科技水平仍存在较大差距，科技研发重视不够、投入不足，自主创新的基础比较薄弱，核心和关键技术落后于世界先进水平，重要设备的国产化率低，一些关键技术和装备，如航改型燃机、大型清洁高效发电设备、多晶硅、页岩气勘探开发技术、先进核反应堆技术等依赖于国外引进，增加了绿色环保成本。