重庆航运产业发展存在的主要问题
1、重庆航运产业市场化水平不高。
市场需求释放不够。重庆市航运货运周转量占全国内河1/4，货运平均运距居全国内河第一，货运船舶平均吨位居全国内河第一，现有企业上千家，运力不断增长。但新运力的迅速增加，大货主、大贸易商发展船队的自货自运，已经占散货总运力的22%，使可竞争的市场越来越小，第三方航运市场受到明显挤压，市场需求没有得到充分释放，运力相对过剩，竞争趋势加剧。
航运资源配置方式有待改善。目前基本上是船东自主配置，没有市场准入的标准、规范，管理上也没有分级分类。岸线资源的垄断性和航运产业的市场化，使要素市场化水平不高。大规模的岸线建设势必提高成本，船舶港务费收费标准较高，使航运企业运行成本较高，利润空间减少。
交易方式相对落后。航运市场仍然以人脉关系为基础的传统交易方式为主，市场信息不对称，市场辐射范围较小，相互恶性竞争，业务层层转包，交易环节增多，最终导致交易成本提高而航运企业实际利润低下的现状。据测算，重庆市航运交易成本比沿海地区高出30%-40%。
2、航运运行机制有待进一步完善。
准入淘汰机制不健全。目前，由于重庆航运产业集群中单个企业规模相对较小，除少数大型国有航运企业外，重庆90%以上的航运企业规模偏小，没有建立完善的市场准入机制和淘汰机制，低运价、零运价的无序竞争，使航运产业发展环境相对恶劣。
协同服务机制缺乏。在铁路、公路、航空、航运和管道运输多种运输方式共同发展的格局下，各种运输方式之间缺乏有机衔接，多式联运尚未形成规模。
3、航运服务体系不健全。
岸线资源重硬轻软。在多年的岸线资源建设中，基础设施投入较大，港口功能单一，以装卸、转运和存储为主。
服务机构不发达。目前，在我市航运体系建设中，船代、货代、报关行、检疫、箱管、仓储、集卡、法律、金融、信息、人才、交易等服务体系处于低层次发展水平，产业集群的现代服务体系尚未形成。
信息服务处于起步阶段。目前，重庆航运产业集群中普遍信息化程度较差，信息“孤岛”现象严重，缺乏区域性公共信息服务平台，导致航运物流、通关等效率较低。
推进长江上游现代航运服务体系建设的对策建议
1、依托重庆航运交易所，构建长江上游航运要素交易市场。
以航运要素交易为核心，建设交易服务体系。航运要素交易是现代航运市场建设的核心环节，对航运产业具有巨大的带动作用。依托重庆航运交易所，构建长江上游航运要素交易市场，打造长江上游航运交易总部，条件成熟时，在相关省市合作建立交易分中心或交易本地代理机构，在物流园区建立交易终端，开展船舶、资金、人才、航运企业产权、运力、订单等要素的现货和期货交易，形成以重庆为总部和中心的长江上游航运要素交易服务体系。
建立和完善现代航运交易机制，催生新型交易市场。建立航运要素期货、现货、虚拟服务交易制度，积极制订挂牌交易、竞价交易、招投标、撮合交易等交易规则，形成新型航运交易制度体系。依托航运交易所，建立航运交易经纪人制度，建立人才培训中心，通过政策引导、市场驱动加快培育专业化的航运经纪人队伍。建立交易、支付、交割、结算等现代交易配套服务体系，促进金融机构、法律机构、商务服务机构等进行航运交易市场，制定重庆市航运行业标准，开展期货和衍生品交易，形成综合航运交易服务体系。
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2、搭建航运物流四大平台，提升综合服务能力。
依托重庆航运交易所，整合重庆航运资源，建立长江上游航运聚集区，打造航运物流政务、商务、金融和信息服务四大平台，形成航运总部经济载体。
建立一站式航运物流政务平台，连通政府相关部门和参与企业。依托重庆航运交易所，设立口岸、海关、国检、交通、外贸、海事、安监等政务服务窗口，形成一站式物流、交易、通关等政务服务，精简行政审批，降低交易成本，提升服务水平。
建立物流商务服务平台，连通航运物流供需各方资源。吸引包装、运输、中转、单证、装卸、搬运、仓储等方面的企业开展第三方的物流业务服务，形成物流业务服务体系。建立航运商务服务联盟，打造航运中介服务产业链。
建立航运金融服务平台，改善航运物流金融融资环境。建立现代航运金融服务体系，每年从市级财政5亿元水运发展资金中安排一定资金，联合银行等金融机构、大型企业等共同组建重庆航运发展产业基金，用于搭建专业航运担保、融资平台和保险服务平台；开展货物质押、航运结算、航运保险评估、联合采购等服务，建立可持续的航运融资与保障环境，为航运企业提供金融支持。
建立航运物流信息综合服务平台，提升航运物流自动化水平。以交通电子口岸（EDI）为支撑，建设海事、航道、船检、气象等航运信息综合服务平台（RIS），并以信息服务平台为基础，形成“外联全国、内接企业”的跨行业、跨部门、跨地区的航运物流信息资源交换与共享机制，依托现代航运市场服务体系，形成网上与网下相结合的航运市场。