4月底，《生态补偿条例》草案起草领导小组、工作小组和专家咨询委员会成立。“《条例》制定是一项艰巨而复杂的系统工程，直接关系到不同地区发展”，国家发改委副主任杜鹰强调。
环保部环境经济与政策研究中心前副主任，现任环保人事司副司长任勇说，生态补偿很重要一点是要确定谁给谁补？首先国家生态功能区和自然保护区应该获得补偿。
此前，环保部曾划分出1458个对保障国家生态安全具有重要作用的生态功能区，约占国土面积的22%，人口的11%。包括水源涵养区、土壤保持区、防风固沙区、生物多样性保护区和洪水调蓄区。
“西部保护 东部付费”
此次《生态补偿条例》起草，国家发改委牵头部门为西部司，意味着此次生态补偿条例的起草，将更多推动东部向西部地区的生态扶贫。
“生态补偿主要有两点，一个是收益者付费，得到补偿的应该是保护者，另一个是破坏者付费”，任勇说，比如西部的三江源头，当地水源保护得好，全国人民都受益了，但当地经济可能又会受到一些影响，这时候就应该由中央政府出面补偿。
广西大瑶山自然保护区的金秀县，在1998年全面实行林木禁伐之后，林农依靠木材和林下经济植物的收入大幅度下降，出现严重返贫现象。该县1999年贫困人口为9844人，到2003年贫困人口增加到55811人，占全县人口的37%。另外，由于保护区更加严格的保护要求和标准，失去诸如发展工业等其它发展机会。
此外，西部地区是中国矿产资源开发导致生态环境破坏的重灾区，历史欠账很多。
仅以山西省为例，环保部环境规划研究院副院长王金南举例，山西每开采1吨煤直接破坏2.48吨水资源。每年开采5亿吨煤，破坏的水资源达12 亿m3左右，相当于山西省整个引黄工程的引水量。
“2003年山西省煤炭工业环境污染和生态破坏的损失为288.77亿元，约占当年全省GDP的11.5%，折合吨煤的损失平均为64.23元，约占煤炭2004年出省平均价格的28%，而这部分损失并未纳入煤炭生产成本”，王金南在报告中写道。
生态补偿：看上去很美
目前存在的问题是，缺乏中央政府协调机制，许多重要跨界流域和生态功能区的生态补偿机制无法建立，一般是上游地区反映强烈，下游尽量回避；对矿产资源开发的生态补偿问题，个别地方以收费或押金制度简单替代生态补偿机制，免除了开发者治理和恢复生态环境的责任。
任勇说，主体功能区和自然保护区考虑进去以后，流域应该也要建立生态补偿机制，浙江有些小流域，涉及两个县，省里出面即可协商解决，但涉及多个省的需要中央政府协调。
鉴于生态补偿牵涉面广，矛盾复杂，任勇建议，在国务院下设生态补偿委员会，负责上述4项事务的协调管理，仲裁有关纠纷，为重大决策提供咨询意见等。生态补偿工作量比较大的省市，可参照设置相应机构。
在环保部政策研究中心课题组与财政部财科所专家共同拟定的建议中，还希望建立国家生态补偿专项基金。资金来源包括：现有中央财政每年投入的生态建设与保护工程资金，全部纳入基金中，按财政收入增长的幅度，每年增加一定比例；借鉴浙江等地经验，将国家对林业、水利、农业、扶贫等专项补助金和相关收费（如水资源费、水土保持收费）收入的一定比例放入基金中。
环保部政策研究中心课题组指出，针对矿产资源开发造成的严重生态环境问题，开征生态补偿费，或在现有资源补偿费的基础上增加一个生态补偿费是非常必要的。
浙江样本
多省调研后，任勇表示，浙江省生态补偿较为成功。
4年来，浙江省财政已安排了26亿元的生态环保财力转移支付资金。
但实际操作中也将面临不少问题：财政转移支付支出结构不够完善；源头地区的生态补偿考核指标不够健全；多元化补偿机制和渠道有待继续探索；自然资源和生态环境价值核算体系还没有建立；环境资源产权往往不能清晰界定。
浙江环保厅表示，今后解决生态补偿量化的难题；为生态补偿机制立法；将财政转移支付与诸多要素挂钩；建立水源保护补偿机制。
“在一个行政辖区内的（中）小流域，基于市场机制的生态补偿模式有很大的应用潜力，并具有高效率的优势，如浙江东阳——义乌的水资源交易模式。”
任勇认为，浙江关于逐步健全生态破坏责任者的经济赔偿制度的政策设计，是很有价值的。浙江的经验还显示，明确政府生态环境保护的责任，并建立严格的监督和考核制度，是生态补偿机制顺利实施的重要保障措施。