2008年中期以后医药行业存货增速出现明显增长，到2009年2月消化库存还在持续，但最坏时候已经过去，下半年去库存化将结束，基本面环比上半年好转。
子行业中，化学原料药、化学制剂和生物制品行业去库存化最明显。化学原料药行业主要由于需求下滑，从行业历史利润率平均水平判断，预计2009年3-4季度左右盈利达最低点，重点品种中VE价格将率先反弹。化学制剂和生物制品行业产品多为处方药，受到医保限制“大处方”的影响，但终端需求由于基层医疗覆盖面扩大而仍然保持稳定。
2009年下半年医改政策将有新进展。医改方案规定基本药物目录将在2009年出台。药品数量将大幅压缩；药品价格将采取政府管制+市场调节定价机制，从国外经验看，价格将获得一定折扣；药品采购实行公开招标，统一配送；城乡基层医疗机构全部配备使用。随着近几年基层医疗覆盖面提高和基层医疗机构数量增长，基本药物的使用预计将呈现明显增长。从疾病发病率情况看，农村和城市居民慢性病发病率最高，预计这些疾病领域的药品消费受益程度最大。
药价改革配套方案可能出台，主要方向是扩大政府定价范围、创新药区别定价、利用集中招标压缩流通环节，这对于具有研发实力较强的龙头企业和医药商业龙头企业是长期利好。
从2009年上半年市场表现来看，医药板块整体表现羸弱，位列Wind一级行业倒数第三位，跑输大盘。单月表现来看，除1月延续2008年12月强势表现略跑赢大盘，4月由于医改方案出台板块表现较强外，其他4个月全部跑输大盘，5月甚至为负收益。我们认为主要是在当前流动性催生的市场行情中，医药行业作为稳定增长行业，业绩增长超预期概率远低于周期性行业。
从估值情况来看，2005年至今医药板块相对全部A股估值溢价平均为45%-50%左右，相对沪深300估值溢价平均在60%左右。截至2009年5月底，板块相对全部A股和沪深300分别溢价为30%和43%，处于较低溢价水平，板块投资安全边际提高。建议长线投资者逢低吸纳专科处方药龙头和医药商业龙头企业包括恒瑞医药、华东医药、双鹭药业、一致药业等，等待时机；密切关注大宗原料药特别是VE的价格走势；关注特定事件的催化契机，包括基本药物目录出台、引入战略投资者、再融资进展等，分别对应的推荐公司为天士力、江中药业、仁和药业。