为减少长江流域各用水部门和地区间的矛盾，水利部将抓紧制定流域初始水权分配制度，做好流域水量的统一调度。
在举行的第三届长江论坛上，水利部副部长胡四一表示，虽然长江流域水资源丰富，但因流域内水资源需求日益增长，加上南水北调、引江济巢（巢湖）、引江济太（太湖）等工程的实施，各用水部门和地区间的矛盾已开始显现，尤其是遇到枯水年，矛盾将更加突出。
长江流域水资源公报公布的数据显示，2007年全流域供水量约为1925亿立方米，比1998年增长16％。而据长江流域水资源综合规划预测，到2030年，多年平均情况下流域总需水量为2351亿立方米。流域需水量的增加，一定程度上将减少长江口的入海水量，特别是跨流域调水对长江口入海径流量的影响更加明显。
另外，为满足流域防洪、发电、灌溉、航运等综合治理开发的需要，长江上游已有一大批已建和在建的控制性水利水电工程。目前已建成的控制性水库有：雅砻江的二滩、岷江的紫坪铺、长江干流的三峡和葛洲坝等。预计到2020年，还将有以向家坝、溪洛渡为代表的20多座控制性水库建成投运。这些水库建成后，将形成700多亿立方米的调节库容，虽然综合效益巨大，但也不可避免地将改变长江中下游的来水、来沙状况。
胡四一表示，如果调度不合理，各水库在蓄水期及枯水年份相对集中地进行水量控制，将影响下游地区的供水状况，加剧各用水部门之间的矛盾。
而入海水量的减少，还会对长江口抵御咸潮带来不利影响，特别是在枯水期，可能会导致长江口重要水源地含氯度超标，影响该地区的淡水供应。
作为长江口城市，上海的用水主要来源于黄浦江和长江，但上海每年都要经受咸潮的入侵，造成长江取水口的原水供应减少。为确保用水安全，上海目前正在建设青草沙水库，这也是目前国内最大的“蓄淡避咸”河口江心水库，设计总库容为5.24亿立方米，有效库容为4.35亿立方米。
因此，“要认真研究以三峡为核心的长江干支流控制性水库群的综合调度，按照上下游、左右岸协调，开发与保护并重，总体与局部利益共赢的原则，做好控制性水工程的统一调度工作。”胡四一说。
事实上，水利部早在几年前就开始了对于初始水权的关注，并开展了一系列试点。2004年，水利部松辽水利委员会通过对初始水权分配的原则和程序、类型和拥有期限、协商机制、政府预留水量、微观用水定额指标体系等专题的系统研究，建立了一整套较完备的流域初始水权分配理论体系。
大凌河试点是水利部进行的首个流域初始水权分配试点，该流域地跨河北省、内蒙古自治区和辽宁省，大部分面积在辽宁省境内，流域水资源短缺，来水年内、年际差异大，地下水超采严重，用水矛盾比较突出。去年11月，经国务院授权，水利部批准了大凌河流域（省区际）水量分配方案。
去年2月，《水量分配暂行办法》正式施行，这标志着我国初始水权分配制度已经基本建立，但这只是水权制度法律框架建设迈出的第一步，包括分配、转让等在内的操作细节并未得以体现。华中科技大学法学院副院长裴丽萍对CBN记者表示，对于水量的分配，应综合考虑地区面积、人口、经济总量等因素，“这是一个复杂的过程。”