新医改方案中提出了“建立基本药物的生产供应保障体系，在政府宏观调控下充分发挥市场机制的作用，基本药物实行公开招标采购，统一配送，减少中间环节，保障群众基本用药。”“基本药物全部纳入基本医疗保障药物报销目录，报销比例明显高于非基本药物。”
这意味着由政府买单的基本药物将有巨大的市场，随着基本药物制度的实施也将加速医药行业整合。对中小制药企业来说，能否进入基本药物目录，在某种程度上决定了医药企业未来的生死存亡。
基本药物目录是国家基本药物制度建设的一个重要内容。自１９９６年制定《基本药物目录》后，国家药监局几乎每两年要对该目录进行一次调整。在２００４年完成最近一次调整后，目录已经包括了２０３３个药品，市场上流通的药品多达上万种。
目前，我国基本药物数量太多，不利于医生合理用药和掌握基本药物。国际社会的实践表明，基本药物大约都在２００至３００种。对此，有关部门对基本药物目录经过初步遴选，确定７５６种药物，其中西药４３０种，中药３２６种。后续可能再做筛选，数目有望进一步减少。
新医改方案指出，“国家制定基本药物零售指导价格，在指导价格内，由省级人民政府根据基本药物目录是国家基本药物制度建设的一个重要内容，招标情况确定本地区的统一采购价格。”这意味着政府将严格控制基本药物的价格、压缩流通环节的灰色利益空间。
我国现有五六千家制药企业，绝大多数是仿制药企业。由于单一品种的生产厂家太多，不少药品的毛利率及价格都不会很高，对于这些药品生产企业来说，如果能够入选到目录中，未来则将面临着广阔的市场空间。而对大部分没有入选名录的药企来说，则意味着失去巨大的市场，药企将面临生存难题。预计，随着基本药物制度的推进，将有不少药企退出市场，行业集中度将进一步提高。