一是研发投入强度不足。2005年我国R＆D与GDP之比仅为1．34％，与世界发达国家2％以上的水平还有较大差距；作为技术创新投入主体的大中型工业研发投入强度多年仍徘徊在较低水平。
二是创新能力亟待提高。2005年，开展研发活动的大中型工业企业不到1／4，表明自主创新还没有成为企业自觉的意识和普遍的行为；设立技术开发机构的企业不足三成，不能为企业的自主创新提供强有力的技术支持；与高校、科研机构合作开展的研发项目数仅占14．9％，全社会科技资源尚未得到充分利用；拥有发明专利的企业不足1／10，多数创新活动还处于跟踪模仿阶段等。因此，大力推进大中型工业企业自主创新能力建设任务还很艰巨。
三是国有大中型工业企业研发效率亟待提高。国有大中型工业企业每产生一项发明专利人员投入为137人，分别是外资和港澳台资企业的6倍和5．5倍；每产生一项发明专利的研发经费投入为1821．5万元，分别为外资和港澳台资企业的2．9倍和3．8倍。因此，大幅度提升国民经济骨干企业的核心竞争力是“十一五”时期面临的重大而紧迫的任务。