开通运营两个多月以来，青藏铁路取得了阶段性成果。设备、人员和管理经受住初步考验，未发生严重行车事故、旅客伤亡事故、职工伤亡事故，没有出现高原病死亡现象，运输安全基本稳定。截至9月18日，青藏铁路共运送旅客近45万人次，运送进出藏货物10万吨，有力拉动了青藏两省区经济社会发展。
8月26日至30日，铁道部部长刘志军带领有关部门负责人全程添乘机车，对青藏铁路格拉段和西格段的运输安全和运营管理情况全面检查。他要求，铁路部门必须抓紧解决青藏铁路线路病害和设备故障，完善符合高原特点的应急救援体系，健全沿线治安管理的长效机制，构建全方位的运营环保体系。
在客运服务方面，铁路部门根据青藏铁路海拔高、空气稀薄、气候寒冷等特殊环境和条件，在客运车辆装备中特别对车辆供氧、防冻等设施进行综合考虑。铁道部门还与沿线8个医疗单位签订了《职工医疗保险定点医疗机构服务协议书》，建立24小时值班制度和电话问诊制度。
为保障进入青藏铁路格拉段列车集便器、污水箱的排污需求，铁路部门在西宁、格尔木、拉萨站配置了20辆流动卸污车。在青藏铁路沿线野生动物活动频繁区段，铁路部门修建了33处野生动物通道，设置了防护栏、警示牌和迁徙诱导等设施。