为了实现精细化管理，提高制造能力，许多企业开始实施应用MES系统，但是，令很多企业倍感困惑的是mes的实施并没有达成预期的效果，巨大的投资并不能带来相应的回报。究其缘由，某知名公司过程控制部技术顾问分析说：“就中国用户来说，MES系统应用的难点有几个方面。
其一，对MES系统项目的理解与定位的不准确与不清楚，如有很多用户简单地将MES与‘数据采集+数据展示’划上了等号，并不了解MES技术的真正用处。
其二，现有用户管理体制的限制。先进成熟的MES制造执行系统里往往集成了行业内生产管理的一些科学理念，因此从某方面讲，MES系统的实施是对用户生产管理体制一定程度的变革，有时，企业因为体制上的限制在接受这种管理理念变化时有阻力。
其三，MES制造执行系统建设未做到要立足当前着眼未来，往往存在重复性建设。