在未来相当长的时期内，我国化石能源的消费总量很难实现大幅度降低。为此，以能源系统改革来推动绿色经济的过程中，不仅要发展清洁能源，更需考虑能源清洁问题。发展和推动各类方案与措施，避免或减少能源开发、销售及使用过程中对环境的不利影响。
党的十八大报告中提出了建设“美丽中国”的概念，要求“把生态文明建设放在突出地位，融入经济建设、政治建设、文化建设、社会建设各方面和全过程”。从我国的能源消费结构来看，单纯发展清洁能源未必能满足我们建设“美丽中国”的需求。未来，社会也许需要转换一个思路，从能源清洁的角度，重新考虑能源行业发展对生态文明建设的影响。
一、从清洁能源到能源清洁
中国的煤炭消费总量占一次能源的比重一直在70%以上。2011年我国煤炭消费总量35.7亿吨，约占一次能源消费总量72.8%。2011年我国石油消费量达到4.6亿吨，成为世界第二大石油消费国，石油占一次能源消费比重为18%。《国民经济和社会发展第十二个五年规划纲要》提出：到2015年，中国非化石能源占一次能源消费比重达11.4％。中国政府承诺，到2020年非化石能源占一次能源消费比重将达到15％左右。由此，虽然我国在大力鼓励发展清洁能源，但在今后相当长的时期内煤炭和石油在能源消费结构中的主导型的地位不会发生根本性的变化。
既然能源消费结构中化石能源所占比例并不会大幅度下降，那么，通过能源系统改革来推动“美丽中国”显然是不足够的。可行的思路应该是，实现能源清洁。所谓清洁能源指的是对生态环境友好、排放少、污染程度低的能源，一般指核能和可再生能源；而能源清洁则是指在能源开发、销售及使用过程中各种以避免或减少对环境的不利影响（减少污染物和温室气体的排放，降低生态破坏）为出发点的各类方案和措施，比如推广能源清洁技术、限制能源利用中的污染物排放等。遗憾的是，由于国家在可再生能源等领域投入了大量资金、出台了很多鼓励政策，社会舆论对此领域非常关注，部分程度上导致了对传统能源清洁利用这个领域的关注减少。
二、化石能源的清洁利用
（一）煤炭资源的开发和利用
我国已开始实施煤炭消费总量控制，并将总量控制目标分解落实到各地政府，实行目标责任管理。《能源发展“十二五”规划》中规定：到2015年，全国能源消费总量在40亿吨标准煤。为此，国家在煤炭开发利用领域积进推动节能减排，在煤炭开发和燃煤发电等领域都制定了相应的污染物排放标准。2012年1月起施行《火电厂大气污染物排放标准》甚至被称为世界上最严格的标准。总体而言，在大气污染控制的总体要求，国家对燃煤电厂的强制脱硫和脱硝政策已经非常明确。
但是，上述政策尚不能涵盖煤炭行业的能源清洁，我们需要全面考虑煤炭开发利用整个生命周期的清洁利用和污染控制，这包括煤炭开发、煤炭洗选、煤炭贮存和运输、煤炭利用过程中的污染控制。比如，改善煤炭质量，限制高硫份高灰份煤炭的开采与使用，提高煤炭洗选比例，推进配煤中心建设等。我们不仅要关注煤炭开发利用过程中的烟尘、二氧化硫、氮氧化物的污染，还要关注煤炭中重金属污染，包括选煤、洗煤、煤矸石、燃煤产生烟气和煤渣中的重金属污染；关注煤炭矿区环境保护和生态建设，采煤沉陷区和影响区的生态综合治理、土地复垦等工作。
此外，除在煤炭利用的全生命周期做好污染控制和污染处理外，还应积极推广整体煤气化联合循环发电（IGCC）等煤炭清洁利用新模式，加大热电联供，集中供热，淘汰分散燃煤/油小锅炉。
（二）石油的开发和利用
2011年我国石油消费量达到4.6亿吨，成为世界第二大石油消费国，石油占一次能源消费比重为18%，而世界平均水平为33%，因此可预计未来我国石油消费仍将持续稳定增长。2011年的渤海湾漏油事件让公众对海上石油开采过程中可能造成的污染有深刻了解。而就陆上石油开采而言，我国不少油气田处于环境恶劣的沙漠、荒滩等地区，这些地区的生态环境脆弱，一旦发生污染，也会对生态环境造成严重破坏。石油行业体系庞大，生产环节众多，生产工艺复杂，为了得到原油和石油制成品，在生产过程中会产生大量的废水、废气、废渣和有毒有害的流体混合物质。此外，石油行业生产流程复杂，特别容易发生因安全生产事故引起的事故性环境污染。在石油行业推行能源清洁是势在必行。
目前石油行业推行能源清洁主要存在的问题是：
其一，缺乏统一的石油勘探开发利用环境保护法律或法规，不利于从整个生命周期对石油生产消费全过程进行环境污染控制。
其二，缺乏统一的监管部门，责任不清晰：石油行业领域的环境污染和生态破坏事件中，通常大气、水、土地、植被都会遭受污染影响，环保部门、林业、农业、海洋、水利、自然保护区管理机构等各部门都可以参与监管，导致权责不清。
其三，我国石油行业主体是中石油、中石化和中海油三大央企所组成。若全面推行石油行业的能源清洁，必将导致投资和生产成本增加。在成本未能有效传导给消费者时候，垄断企业出于自身利益考虑，通常会利用其央企及垄断地位，阻碍石油行业的环保标准提高。
三、能源清洁的政策思考
第一，加快能源行业立法，将能源清洁作为立法目的之一，推动制定《能源法》、《原子能法》、《石油天然气法》、《核电管理条例》，加快修订《煤炭法》、《电力法》。同时，从立法来看，目前有《节约能源法》、《可再生能源法》和《清洁生产法》，建议从环境保护及可持续发展的角度出发，起草《能源清洁法》或者《能源清洁条例》，或者针对煤炭、石油行业专门进行能源清洁立法。
第二，目前需要加大对传统能源清洁利用的引导作用，建议专门设立《能源清洁产业发展指导目录》，对传统能源的清洁技术从理论研究、技术引进、技术转化和运用、相关设备的生存、销售和使用等领域全面梳理，落实相关财税政策；对能源清洁项目在资格许可、项目审批等环节给予特殊政策优惠。为避免将能源清洁所导致的成本增加直接传导给消费者或者由企业自行承担，可以考虑采用税收优惠政策。比如，可以给予清洁油品在增值税和消费税上给予一定的优惠；对分布式发电项目和IGCC项目的上网电价给予税收优惠。
第三，参考节能审计、碳盘查等领域的经验，可以对能源开发利用环节的污染排放进行统计，对相关政府部门进行考核，要求逐年降低单位能源消耗中的污染排放值。
第四，加大财政资金对能源清洁领域技术创新、推广运用的补贴。可以考虑对部分对能源清洁利用有突出作用的技术，由政府采购取得其知识产权然后让公众免费使用。