进一步优化和完善技术市场政策体系，促进科技与经济结合，保障国家有关技术市场税收优惠政策的落实，市科技创新委、市税务局共同制定了《深圳市技术合同享受税收优惠事项管理办法》（以下简称《管理办法》）。
一、制定背景
2003年原深圳市地方税务局、深圳市科学技术局联合印发了《深圳市技术转让技术开发及相关服务性收入免征营业税审批管理办法》（深地税发〔2003〕348号），经市科技行政管理部门认定登记的技术转让、技术开发业务和与之相关的技术咨询、技术服务业务取得的技术性收入可享受免征营业税的税收优惠政策，该管理办法一直沿用至今。为做好“营改增”过渡工作，2016年财政部、国家税务总局印发了《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（财税〔2016〕36号附件3）明确了技术转让、技术开发和与之相关的技术咨询、技术服务免征增值税。
原管理办法主要涉及都是营业税方面的表述，在实际开展技术合同认定工作中部分条款已过时或者不适用，越来越多的申请认定登记的技术合同不仅限于免征增值税，技术转让合同可受减免企业所得税优惠，技术开发合同可享受企业研究开发费用税前加计扣除等。今年新颁布的《中华人民共和国民法典》（以下简称《民法典》）涉及技术合同的条款共四十五条, 在《合同法》的基础上也对部分技术合同条款作了适当修改。因此，为了适应新形势的发展，规范技术市场交易，有必要对原管理办法进行重新修订。
二、主要内容
《管理办法》共分为六章，共二十三条，主要包括总则、职责分工、技术合同认定登记、技术性收入核定、纳税人减免税办理等，主要内容如下：
（一）明确可申请认定登记的技术合同类型
按照《民法典》的有关规定，技术合同分为技术开发、技术转让、技术许可、技术咨询和技术服务五类合同，与《技术合同认定登记管理办法》（国科发政字〔2000〕063号）相比，增加了技术许可合同，技术许可合同在认定登记时可按技术转让合同予以登记。经认定登记的技术合同，纳税人可凭相关的认定登记证明享受免征增值税，减免企业所得税以及研究开发费用加计扣除等。
（二）明确技术合同技术收入可享受税收优惠
符合条件的技术合同除了可享受原管理办法规定免征流转税优惠（由营业税过渡到增值税），还可以享受技术转让所得减免企业所得税、企业研究开发费用税前加计扣除以及科技人员取得职务科技成果转化现金奖励减免个人所得税等。
（三）明确技术合同认定登记办理方式
技术合同认定登记一般由技术交易卖方提出申请，涉外合同，可由技术交易买方申请。为进一步优化我市技术合同认定登记工作，大力推行技术合同认定登记“不见面、事照办”服务，市科技创新委可支持现场或者网上两种办理方式,纳税人可办事窗口提交或者邮寄书面合同文本和相关附件，也可在网上直接提交合同原件和相关附件扫描件（仅限PDF格式）。
（四）明确技术合同认定登记类别
按不同的登记类别，市科技创新委可分别出具《深圳市技术转让、开发及相关服务性收入认定登记证明》、《深圳市技术合同认定登记证明》，纳税人凭认定登记证明可向市税务局申请享受相应的税收优惠。
（五）明确技术合同技术性收入核定
《管理办法》中“技术性收入”是为了和《技术合同认定规则》（国科发政字〔2001〕253号）的合同交易总额和技术交易额有所区分：合同交易总额是指技术合同成交项目的总金额；技术交易额是指从合同交易总额中扣除购置设备、仪器、零部件、原材料等非技术性收入后的剩余金额，但合理数量标的物的直接成本不计入内。技术性收入一般为技术交易额，个别情况除外。
（六）明确纳税人减免税办理程序
纳税人享受技术性收入减免税事项优惠采取“自行判别、申报享受、相关资料留存备查”的办理方式，应当先完成技术合同的认定登记，然后在纳税申报时直接享受税收优惠，并归集和留存技术合同相关资料，以备市税务局核查。