目前我国医药工业自动化项目大多数是采用这样的工程模式：先由建设方进行规划、提出设计需求，然后建设方委托设计院设计，设计完成以后由建设方委托招投标公司或建设方直接向有关工程公司进行招标，工程公司再以投标方式取得工程实施权。事实证明：这样工程模式的四个环节在实际实行时，普遍存在着许多严重影响设计和实施质量的问题，从而严重地影响了我国医药工业自动化工程的质量，例如：
1. 规划环节
相当一部分企业的决策层，在他们的自动化建设和改造项目中，并没有真正搞清楚自动化的目的是什么，没有真正对本企业的工艺设备的实际需求和今后的发展方向作过认真研究，也没有对企业的整体系统和项目的内容以及资金作好合理规划与计划安排；他们往往由于对自动化的特点缺乏专业的认识和了解，因而一方面对整个项目提不出明确和完整的“用户需求”（USR），另一方面对设计方和工程承包商所提出的自动化设计、改造和实施方案又不能进行合理评判、审核和定位，缺乏对项目从设计、实施和运行等各个环节的“确认”（Qualification）能力，因而对整个项目的设计和实施质量缺乏应有的监控能力，往往事后容易产生各种工程纠纷或许多不如意之处。
2．设计环节
对于一个自动化工程设计项目，部分设计单位往往不愿意踏踏实实地了解工艺和施工的真实细节情况，缺乏责任心，他们或是因为对某些生产过程的对象特性了解不深，或是出于减轻设计工作量，常常只设计部分的控制检测点，而完全没有控制方案，或控制方案不甚合理。他们往往把应该由设计院负责的工作全部转移给施工方、建设方或设备供应商，甚至完全依赖于他们去填补（即所谓的“二次设计”），同时他们在总体上又没有承担起认真审核与整合的责任。这尤其表现在某些分项工程、计算机控制系统的方案设计上。这种工程设计和实施分离，软硬件系统设计分离的系统设计方式，实际上已经常常成为影响自动化工程设计质量的重要因素。另外大多设计单位的自控设计也常常趋于保守，缺乏创新。
3. 招投标环节
项目招投标的形式本来应该是一个科学、公平、公开的筛选和优化过程，但在我国有些项目的招投标实际仅仅是一种形式，投标方往往根本没有应有的时间和条件了解项目的工艺设备条件，所谓的投标方案往往根本没有合理技术方案的依据；另外，在招投标过程中，部分建设方为了自身利益，不认真履行保密承诺，不尊重投标方的技术成果和知识产权，随意泄漏标书内容给第三方，也造成投标方不愿也不敢在投标方案中包含真正实质性的技术内容；在项目的投标评判过程，往往忽视对投标方的技术方案、控制方案和设备选型的经济技术合理性分析，而是看重投标方的投标价格、关系或所谓形式上的“名气”上。这样的招投标，不但丧失了项目招投标原来的意义，而且往往成为以后影响项目质量的隐患，同时，这样的招投标，对大多数投标方来说，往往也成为一个劳命伤财的过程。
4. 工程实施环节
部分工程公司或设备供应商,一方面在投标时为了竞争工程的实施权而被迫极力压低投标价格，另一方面又在取得实施权后，为了弥补利益的损失而不能按质按量地进行设备、材料的选型和项目的实施。部分工程公司或设备供应商, 虽然比较了解局部设备和工艺过程特点, 但其实并不真正具有工程设计能力,尤其是工程整体设计能力，但在设计单位推卸责任的情况下，却凭借有限和局部经验，抱揽承担超出他们实际能力的工作(尤其是设计工作)，从而也成为严重影响工程质量重要环节。
5．目前我国EPC工程模式（工程总承包）尚不成熟：
鉴于上述的情况，目前在我国，迫切希望改变这种工程模式的呼声越来越高，其中谈得最多的就是建议打破我国目前这种工程设计与实施分离的体制，采用国外工程公司的EPC（Engineer，Procure Construct）模式，也就是所谓的从设计、供应到实施的工程总承包形式。显然真正高质量的EPC模式确实应该是一个很好的发展方向。但是我们同时也要注意，尽管现在国内已经有不少设备供应商和工程公司，甚至设计院都纷纷号称要承担工程总承包的角色，但实际上他们现在无论是人员组织结构、项目和资源管理水平和能力、多专业综合协调能力与质量控制能力都远没有真正达到EPC应该具有的水平，他们不少实际上往往还是从自身的商业利益最大化和变相分包出发的。因此，我国的EPC工程模式还并没形成，而且应该还会有个合理整合和逐步成熟的过程。
另外，我个人认为，无论我们的自动化工程将来是否采取EPC模式，建设方都必须提高自身对自动化项目设计和实施质量的监控能力，从项目的规划、组织和实施过程中的所有环节，及时发现、避免所有影响工程质量的因素；建设方可以没有设计和实施能力，但是不能没有质量判别和监控能力。在这方面，建设方可以充分借助专家咨询和工程设备监理的作用。