仓储管理作业源于商务，由于国内众多WMS系统独立于开发应用，脱离商务处理系统（ERP、SCM、CRM等）无法实现商流和物流一体化管理，增加了流通企业管理的难度和管理成本。
由于医药流通行业的仓储管理涉及到GSP管理，并且批号要求严格、效期管理要求高，这些要求综合在一起，管理难度复杂、难度大，是目前国内WMS系统难以解决的问题。
综合我国流通企业的管理向网络化、信息化方向发展的现状，以及对仓储管理的精细化要求，仓储管理系统（WMS）将向以下几个方向发展：
一体化企业业务管理系统、WMS一体化应用，提高对客户订单的反映速度，及时反馈信息；实现业务管理与物流作业协同，满足企业商流物流一体化管理的系统。
集体化现代仓储管理不仅是对业务系统的商务交易进行物流作业反映和作业结果反馈，而且还涉及到现代物流和技术的集成，以实现物流作业和数据采集的自动化管理，如与自动导向车、传输带、升降机、堆垛机、电子标签、RF等设备和技术的集成。在仓储作业的整个过程中，可以利用现代仓储自动化控制设备实现货物的自动上架和下架作业，利用条码、无限射频、手持终端、电子标签等数据采集和仓储作业的自动化和智能化。
柔性化企业的发展是一个动态的过程，如企业发展战略、业务范围、业务流程都会不断地进行调整，WMS需要根据企业的业务变化进行相应的调整和扩展，满足企业不断变化的管理要求，以适应企业的发展。仓储管理系统（WMS）应遵循体系架构化、工具平台化开发理念，以适应企业发展过程中不断变化的需要，为企业持续发展提供信息化保障。
体系架构化，是指开发设计中考虑了仓储作业管理的整体性，搭建了仓储作业管理的整体架构，主要包括作业信息读取管理、复核拼箱管理、复核发货管理、配送管理、数据采集设备接口、自动化仓库设备控制系统接口等。
工具平台化，是指为了适应企业信息化应用的扩充和组合，满足企业个性化的需求，例如，时空软件就在其系统内提供了了多个基本管理单元模块和开发工具，用户的技术人员通过一个实施周期就能掌握开发工具的应用，可以更快地响应企业业务不断变化的需要，实现WMS系统纵向和横向的应用扩展，满足企业长远发展的需要。
行业化不同的行业有不同的管理要求，如，贵重商品对单品的管理要求比较严格，药品和食品对效期、批号和批次的管理要求严格，药品管理行业特色的GSP管理，一套WMS软件不可能适应行业管理的需要，要走行业化和专业化的道路。针对药品流通行业的管理特点，对采购入库、采购退货、库房管理、销售出库、销售退回以及越库管理等业务，进行系统的规划。把采购业务、库存业务、销售业务中涉及商品流动的作业环节，通过WMS进行管理，实现流通企业对商务和商品流动作业的管控一体化，并优化作业流程，减少不增值的作业环节，提高商品周转率和准确性。