在12月28日举行的“水专项‘十二五’实施计划编制启动会暨地方科技需求座谈会”上，水专项管理办公室主任、环境保护部副部长吴晓青指出，在“十二五”期间，国家水专项将加大关键环境技术的推广应用，示范区扩大到流域；加强产学研用结合，培育战略性新兴产业等。
吴晓青说，“十二五”实施计划将衔接“十一五”计划，按照“控源减排”“减负修复”“综合调控”三阶段循序推进；在“三河、三湖、一江、一库”等重点流域开展湖泊富营养化控制、河流和城市水环境综合整治、饮用水安全保障等研究与示范，重点突破面源污染和有毒有害污染物控制、水体生态修复关键技术，将水污染防治综合管理和控制技术体系大规模应用于重点流域和区域。
吴晓青强调，水专项将吸收企业管理和技术专家进入专项总体专家组，参与专项的“顶层设计”；选择具有市场推广前景或影响企业污染达标排放的关键技术，开展产学研合作；加大企业牵头承担课题比例，推动其自主创新能力的提高，培育一批具有较强自主创新能力的大型环保科技型企业，为推动环保产业发展成我国新兴战略性支柱产业提供科技支撑。
环保部门目前正组织制定“十二五”环保规划，将在化学需氧量（COD）总量控制基础上加强氨氮和总磷控制，并推动面源污染防治。吴晓青说：“水专项实施计划还将与国家‘十二五’环保和饮用水安全保障规划、重点流域水污染治理规划紧密衔接；需在面源污染控制、脱氮除磷等关键技术研发方面取得突破，为‘十二五’国家环保规划实施提供科技支撑。”
水专项管理办公室副主任、环境保护部科技司司长赵英民说，针对“十一五”期间水专项进度缓慢、“小、散、全”、成果产出不多、标志性成果凝练不够等问题，在2010年新启动的“重点流域水污染控制与治理综合决策技术研究”项目（含5个课题）和黄河中上游、重金属污染防治等4个增补项目（课题）上，将严格技术把关；“重点流域水污染控制与治理综合决策技术研究”增补项目中，将突出对当前黄河中上游、重金属和污泥处置等重大、急迫问题的解决等。
据悉，水专项投入逾百亿，是迄今为止，我国资金投入总量最大的环境科研项目。截至目前，共启动32个项目、230个课题，占“十一五”拟启动课题数的96.6%。