17年前，Shinjuro Kondo先生搬到现在的居住地——日本富士山的故乡静冈县，但今年76岁高龄的他却抱怨说：“肩膀僵硬、头痛、失眠、手抖……自去年2月份以来，就在风力涡轮机试运行开始后不久，我就出现了各种症状。”而老人的住所距离一组风力涡轮机大概只有350米远。
据PhysOrg网站报道，在老人的大约100名邻居中，超过20%的人也抱怨类似的身体不适。邻居们说，当风力涡轮机由于机械故障或其他原因停转的时候，他们的症状会有所减轻。
此类身体不适和风力涡轮机之间的关系尚不清楚，但风力涡轮机产生的次声波可能是罪魁祸首。这种次声波每秒振动1到20次，由于频率太低，人耳无法听到。目前，类似的投诉在日本其他地区也有报道，但不知是否与风力涡轮机产生的噪音有关。
风力涡轮机运营商对此非常关注，想了解应该采取哪些措施。据PhysOrg.com网站分析原因有以下几点：第一，对次声波噪音的敏感度存在个体差异；第二，次声波对人的影响随着心理因素而改变，例如，即便是同样的音量，不愉快的声音比愉快的声音更能让人不舒服；第三，身体不适与次声波之间的因果关系尚未得到清晰。
2004年，日本环境省为当地政府制定了指导准则，用于处理由次声波噪音引起的问题。该准则的发布主要针对由工厂或建筑工地频率在20到200赫兹的次声波造成损害。然而，风力涡轮机产生的次声波频率太低，不受该准则的约束。
日本《噪音管制法》（Noise Regulation Law）规定了工厂和建筑工地的噪音水平，同时，《环境影响评价法》（Law for Assessment of Environmental Impacts）也规定大型发展项目启动之前，应该评估其对周围地区的影响。但是风力涡轮机不在两法的管辖范围之内。
无论是在日本国内还是在国外，目前还没有任何分析次声波和人类健康之间关系的。和歌山市（Wakayama）医生Fumitaka Shiomi研究次声波噪音问题长达30年，他表示：“次声波噪音会损害人类健康。除非立即采取措施，否则将会出现严重问题。”
但日本环境省大气环境课负责人Tomohiro Shishime表示：“首先，我们要考察实际情况。环境省目前正要求当地政府收集类似投诉。”日本足利工业大学（Ashikaga Institute of Technology）院长Izumi Ushiyama致力于风力涡轮机的推广，他表示：“在听取运营商和居民的意见之后，我们会寻找解决办法。”
风力发电对鸟类也构成了威胁，鸟类常常撞死在涡轮机旋转的叶片上。日本环境省证实，从2003财年开始，13只罕见物种白尾雕就这样被夺去生命。日本野鸟协会（Wild Bird Society of Japan）自然保护办公室副主任Yukihiro Kominami认为，这些例子仅是冰山一角。他说：“我们必须尽快找出各个地区存在的类似问题，否则我们将看到鸟类继续受到伤害。”
也有人认为，风力涡轮机旋转的大叶片破坏了当地景观。日本长野市的居民组织起来，反对在当地建设风力发电场，当地政府还制作了一张地图，显示了拟建的风力发电场对自然和景观的影响。一名负责人表示：“我们希望运营商能够评估环境问题，并借助此图向当地居民解释清楚。”
专家们日益达成共识，认为风力发电项目应该被纳入到环境影响评估法律中。环境省计划在中央环境审议会（Central Environmental Council）上探讨这个设想，研究修改法律的可能性。
非盈利环保组织日本可持续能源政策研究所（Institute for Sustainable Energy PoliciesInstitute for Sustainable Energy Policies）负责人Tetsuya Iida表示：“风力发电已经取得商业成功，比太阳能发电成本低。必然存在一种风电与自然和居民和谐共处的途径，日本政府应该考虑建立一个框架，协助探寻这种方式。”