生物能源为上市公司博得一个好彩头，但似乎并没有带来一个好“钱途”，至少从目前来看是如此。作为国内生物质燃料股龙头，共拥有４４万吨的燃料乙醇生产能力的丰原生化（０００９３０）若非政府补贴，其生物能源资产并未实现盈利。甚至由于未获国家批准，北海国发的生物能源项目成为了沉重负担。
国内最大的燃料乙醇生产企业，丰原生化实现对安徽全省、山东省７个地市、江苏省５个地市、河北省２个地市的燃料酒精的平稳供应。
正是看中了公司在国内燃料乙醇的巨头地位，２００６年末中粮集团斥资１０亿元收编丰原生化，其目的就是将燃料乙醇的版图扩大，成为生物能源行业的霸主，这桩收购帮助中粮集团获取了国内燃料乙醇四张生产牌照中的三张，并拥有目前全国７０％的燃料乙醇产能。
最初我国的燃料乙醇生产用于消化陈化的玉米、小麦等粮食，其中主要以玉米为主。但随着燃料乙醇的生产规模扩大以及其他粮食深加工的迅速发展，陈化粮已消耗殆尽，对新粮的需求日益增加，而我国的粮食供应已改变了过去的较宽松局面，粮食供应开始趋紧，甚至关系到了国家的粮食安全问题，在这种情况下，２００７年９月，国家发改委发布《关于促进玉米深加工业健康发展的指导意见》，明令要求“十一五”期间各地不得以加工玉米为名，违规建设生物燃料乙醇项目，盲目扩大玉米加工能力。同时，对在建、拟建项目进行全面清理，对已备案尚未建的项目全面叫停，鼓励非粮食作物作为原料开发燃料乙醇。这一意见的出台，使公司面临原料和成本的双重压力。
目前，丰原生化生产的燃料乙醇仍然以玉米为主要原材料，每年靠国家财政补贴维持盈利。公司２００８年的年报显示，公司燃料乙醇类及其副产品的营业收入为２３．４８亿元，占主营业务的４８．９０％，毛利率为－１６．０５％。由于报告期内国家对公司的燃料乙醇弹性补贴标准仍旧按照２００７年的２２５１元／吨执行，如果按照公司４０万吨的产能简单计算，国家在报告期内给予该业务的补贴就高达９亿元。可见，公司此项业务非常依赖国家对定点生物燃料乙醇生产企业实行的弹性补贴政策。
而在２００７年，公司能够扭亏为盈，很大程度上也是得益于该公司在２００７年度获得的４．３亿元燃料乙醇财政补贴。
据分析，中美燃料乙醇的生产在生产效率上也存在较大的差距。中国生产１吨乙醇需要消耗１２吨水，而美国这一数字是１．８吨；中国需要３．３吨玉米生产１吨乙醇，而美国的转化率是２．８，中国乙醇生产的污染物的排放也比美国严重得多。因此，与美国相比，我国目前燃料乙醇生产成本较高，价格偏低，能源消耗严重，乙醇生产必须依靠政府补贴才能够保本／盈利。况且，我国粮食生产将难以满足燃料乙醇的迅速增长。因此，承担改变中国能源结构重任的，是以秸秆为代表的植物纤维，开发大规模生产木质纤维类生物质燃料乙醇的工业技术，是解决燃料乙醇原料成本高、原料有限的根本出路。
为了降低成本，不少企业纷纷尝试以木薯、麻风树等为原料进行生物能源的制造。
北海国发６００５３８是国内较有代表性的以木薯为原料进行燃料乙醇生产的上市公司。据申银万国的研究报告表明，北海国发曾经一度并没有突出的主业方向，但在收购了广西国发生物质能源有限公司１００％的股权后，公司明确提出主业向生物燃料产业转型的方向发展，未来生物燃料将成为公司盈利的支持。不过，曾经的美丽梦想由于燃料乙醇项目迟迟未能获批致使公司陷入无力还贷的窘境。
２００８年７月１８日，海南椰岛 ６００２３８发布公告称，拟与国有大型石油化工企业合作实施以木薯为原料年产１０万吨燃料乙醇和２万吨液体二氧化碳（食品级）的“１０万吨燃料乙醇项目”，项目总投资约为３．５亿元。然而其进展缓慢。２００８年年报表示，“充分做好燃料乙醇项目开工准备。”
国风塑业则试图在麻风树制造生物能源方面有所突破。２００６年底，大股东国风集团的生物柴油项目首期工程投产，这是当时国内规划最大的生物柴油项目。于是，市场纷纷猜测该资产将注入上市公司，到如今，也不了了之。