东星航空被勒令停航后，重组行动即陷入僵局，最终会被进行破产清算。目前已有6家债权人向武汉市中级人民法院申请执行破产清算法律程序，法院已冻结了东星航空旗下16个账户。
据安永会计事务所的审计结果显示，东星航空拖欠飞机租赁费、机场起降费、航油费、保险费数额巨大，仅欠武汉天河机场停机费已达6000万元（人民币、下同），亏损已达5亿元左右，并有100多名机师和空中服务员从去年12月起未发小时费，另外三个基地1000多名地面员工从今年1月起未发工资。武汉市政府负责人表示，由于东星出现巨额亏空会危及航空安全和影响员工利益，加上有关债权人已采取法律措施，因此请求中国民航暂停东星航班经营许可，并迅速调集4家航空公司多架飞机临时执飞东星停飞的航线，为旅客办理退票、改签等事宜。不过，即使东星已停航，每天净支出费用仍近100万元，目前该公司已到账和可收回的资金约320万元，急需开支却达2000多万元，其中4家航空公司代为执飞的5天成本已费近千万元。