为激励广大科技人员自主创新，倡导和鼓励我国科技工作者将高水平的学术论文在国内学术期刊发表，吸引国内外优秀作者投稿，提高我国科技期刊学术质量和水平，为国家科技创新体系建设服务，中国科协于2008年8月至12月开展第六届科技期刊优秀学术论文评选活动。
中国自动化学会向中国科协第六届科技期刊优秀学术论文评选活动推荐的科技期刊论文，荣获二等奖1篇，三等奖5篇。它们是：
二等奖
论文题目《三维运动目标的多尺度智能递推识别新方法》
主要作者：张天序、翁文杰、冯军
刊载期刊：“自动化学报”；刊载年期：2006年第9期
三等奖
1．论文题目《月球探测中通信跟踪（C&T）技术遇到的新问题》
主要作者：姜昌
刊载期刊：“遥测遥控”；刊载年期：2006年第9期
2．论文题目《600Mb/s高速数传接收机的设计与实现》
主要作者：童长海、郑雪峰、郑戈等4人
刊载期刊：“遥测遥控”；刊载年期：2007年第11期
3．论文题目《广义不确定周期时变系统的鲁棒稳定性分析》
主要作者：苏晓明、吕明珠
刊载期刊：“自动化学报”；刊载年期：2006年第7期
4．论文题目《轻油定量装车系统的应用》
主要作者：袁汉福、主艳红
刊载期刊：“自动化博览”；刊载年期：2007年第12期
5．论文题目《Dual-stage Optimal Iterative Learning Control for Nonlinear Non-affine Discrete-time Systems》
主要作者：池荣虎、侯忠生
刊载期刊：“自动化学报”；刊载年期：2007年第10期