东南大学自动化学院的前身是1957年筹建、1962年正式挂牌招生的东南大学自动控制系，是国内最早设立自动化专业的院系之一，同时，还有教育部批准设立的自动化研究所。现为国家“211工程”和“985工程”建设重点支持单位。
学院在注重理论研究的同时，十分注意面向经济建设主战场，将科技成果转化为生产力，有相当数量的人员从事先进制造技术和生产过程综合自动化等方面的应用开发和研究，承接了
电力，化工，机械，造纸，
冶金，轻纺等行业的数十项大中型企业的应用项目。近年来有三十多项成果通过了鉴定并获奖，许多成果属于“国内领先水平，有广泛的应用推广价值”，部分成果达到国际先进水平，其中北京第一
机床厂CIMS工程（863应用项目）曾获国家科学进步二等奖，机电部科技进步特等奖，以及美国CIMS工业领先奖，为企业创造了可观的经济效益。
学院在本科及研究生培养中，始终坚持“厚基础、宽口径、重能力”的原则，注重实施素质教育。近年来，持续深入地开展了面向21世纪的教学改革，对教学计划、课程内容、实践环节进行了全面优化。课程建设规划有效落实，先后编写出版了二十余套课程教材。其中一批教材获得了国家级、省部级优秀教材奖，多门课程先后获得了国家级、省部级、校级优秀教学成果奖和教学改革成果奖。各类课程实验及实践环节条件不断改善，实验教学质量不断提高。自动化本科专业2005年获得江苏省首批品牌专业。
学院十分重视人才培养，现在每年招生硕士、博士研究生120多名，本科生120－160名，此外还有成人教育学生和研究生课程进修班学生等。40多年来，学院已累计培养了数千名本科生、几百名博士、硕士研究生、几十名外国留学生。他们以扎实的专业基础、很强的科研能力和优良的人文素质深受用人单位的欢迎。