2007年12月26日，S三九发布公告，宣布控股股东三九企业集团并入华润（集团）有限公司，华润集团将成为S三九实际控制人。至此，华润获得重组华源、三九机会，实现了将
医药产业作为其主业发展的夙愿。
华润曾一度是一个跟着感觉走、什么赚钱做什么的公司，而今天的华润，已经是一家拥有一千多亿资产和七百亿营业额的多元化控股企业集团，并已形成清晰的几个业务板块。不过，华润也正面临着更深层次的挑战，那就是由大变强所必须进行的战略整合。
化蛹成蝶的变身之舞
从贸易代理起家，华润经历了五次战略转型，才形成今天的模样。从机会扩张到聚焦主业，企业战略不断从自发向自觉提升，华润以“做行业领导者”为战略导向的转型轨迹清晰可见。
由于具有资金实力与政府资源这两个在国内并购活动中其他企业难以企及的优势，上世纪90年代中期，刚刚因国家外贸经营权的放开而退出贸易领域不久的华润，在短短的几年间就形成了集团多元化、二级公司也多元化的局面，这导致当时的华润业务庞杂、交叉经营，主业不清晰。无序的扩张使当时的管理层意识到战略的导向性错误，并引入6S管理体系，重新划定了利润中心，清理了庞杂的组织架构，华润的局面开始好转。2000年，华润对外宣布业务重组，将业务划分为分销、地产、科技和策略性投资四大类，前三类分别由华创、华润置地和华润励致进行。
华润的业务重组在2003年达到高潮。这一年出现了涉及多个领域的一系列重组，比如，将机械五矿的水泥业务与华创中港混凝土业务重组为华润水泥并成功上市、将华润
电力进行资产组合并在香港成功上市、华润微电子的重组、华润
物流的重组、木棉花酒店的重组、华润生化的重组……华润的主营业务轮廓进一步走向清晰，资源进一步聚焦，业务协同性得到加强，同时也使集团的资产价值大幅升值，国际资本市场开始越来越重视和关注华润系上市公司。
引人注目的四大行业 在华润的九大行业中，最为令人关注的，也是最能够较好体现华润“产业整合”理念的行业，是啤酒、纺织、零售和医药。
自1994年以来，华润挟资本优势在中国大陆四面出击，兼并了包括四川蓝剑、武汉东西湖、沈阳雪花、杭州钱江等区域性重量级品牌在内的近50家企业，形成庞大的啤酒华润系，实现了啤酒行业的全国布局，给国内啤酒市场带来了巨大的震动。
2000年，华润斥资1.1亿元连续收购了6家纺织厂，2001年9月，华润又以中国华润总公司的名义斥资1.5亿元收购华润锦华51%股份，成为其控股股东。截至目前，华润已在山东、江苏、四川、陕西、河北等地拥有16家全资和控股纺织生产企业，拥有125万纱锭、15条印染加工线、年产各类纱线11.5万吨、各类坯布1.6亿米的生产能力，稳坐纺织行业老三的位置。
2002年至2005年间，华润先后收购了华润万家、苏果超市、绍兴乐客多、宁波慈客隆超市、天津月坛、家世界等多家连锁企业，成功实现了对各区域市场的占领，2006年华润零售业务的销售额将近430亿元，在内地及香港的业绩超过百联集团旗下的联华和华联，成为中国超市霸主。
在入主三九之后，华润系已涉及300亿总资产、6家与医药相关的A股上市公司———中西药业、万东医疗、双鹤药业、上海医药、东阿阿胶、S三九的医药资产开始向集中化、有序化整合。业内分析认为，S三九在OTC和中药制药方面具有很强的品牌优势，同时在目前华润旗下的医药上市企业中也算盈利能力较强，无疑将成为华润整合医药资产的理想平台。
“重组之后的新三九目标是做一个中国民族医药的品牌企业，将其作为中医药产业的发展平台。”华润集团总经理宋林曾表示， “华源、三九已成为历史，不再重要，重要的是如何借助它们打造华润的医药产业。”
核心行业的整合之惑 从战略上来看，华润的多元化有着看似清晰的盈利模式。华润收购的国有企业由于体制上的原因，一般管理混乱、资金匮乏，华润的进入，可以带来新的管理团队，并提供强大的资金支持，这应该能明显改善公司的经营业绩；再加上收购成本较低，华润可对某些行业进行大规模的收购，并利用这些被收购公司间的协同效应重新整合与重组，进而取得一定的行业垄断优势并获取更高收益。
但是，现实的情况却没有这样乐观，整合中的冲突、混乱与效益低下，成了抵消多元化潜在收益的最大障碍。
以整合最为成功的啤酒行业为例，华润虽坐上了啤酒行业销售的龙头位置，但其盈利能力却远低于青岛啤酒、燕京啤酒等竞争对手；而在零售行业情况同样堪忧，万佳超市自从被华润并购以后就一直亏损，至今尚未恢复元气，并购的诸多企业也未见更深层次的整合行动。在纺织方面，华润集团虽然收购了十多家国有纺织企业，看似规模上去了，但目前资产质量并不高，而且华润纺织企业与企业间产品差异较大，无法形成合力。
大而不强是业界对华润的普遍看法，其营业额的增长更多是通过并购来实现，而非自身经营能力产生。
华润这种大而不强的一个根本原因在于：被收购公司往往与华润集团在行业发展战略与企业文化上存在冲突———这类矛盾在华润重点发展并积极进行产业整合的行业表现尤其明显。
华润收购万佳超市后，由于其在全国各地开店的战略目标与万佳原有的立足本地区的战略发生严重冲突，最终导致了以徐钢为代表的万佳原有管理团队大批离去，而华润万佳也从一家业绩优异的公司陷入了不断亏损的境地。华润产业整合另一个失败的例子是对深圳的万科与北京华远地产的整合。这两家地产公司一南一北，是中国地产界的两家航母级企业。华润在控股这两家公司以后，非常欣赏万科的经营理念，希望按照万科的方式重塑华远，而这遭到了华远原有管理层的强烈抵制，最终以华远原总裁任志强赎回华远品牌、离开华润另起炉灶而告终结。
有业内人士分析，华润之所以面临整合困境，更重要的原因体现在管理资源的稀缺上。在收购一家企业后，华润通常的做法是，90%的一把手被换掉，而换上去的一般是华润从社会招募的职业经理人。这些人员与华润很难有共同的企业文化认同感。这样，被收购公司与华润仅通过资本纽带相连接，而华润收购来的各公司之间未能产生有效的沟通，难以发挥“1+1>2”的效果。而另一方面，这些被收购企业，本来就是势霸一方的诸侯，纳入一个大家庭之后，它们之间如何进行品牌间的战略整合，也是考验华润智慧的重大问题。