根据山东省政府统一部署，１０月９日至１５日，山东省开展了２００６年度第三次整治违法排污、保障群众健康环保专项行动，检查发现，４８座污水处理厂中，达标排放的有３６座，占取样监测总数的７５％，比２００６年第二次环保专项行动检查结果提高了３．３％，但仍有１２座超标排污，１２座实际运行率低于６５％。
此次检查发现，有４座污水处理厂在省政府第二次环保专项行动中进行挂牌督办后依然没有整改到位，其中滨州市污水处理厂实际进水ＣＯＤｃｒ浓度最高达到３１０１ｍｇ／Ｌ，导致污水处理厂出水ＣＯＤｃｒ浓度２３４ｍｇ／Ｌ，超标１．３４倍；淄博市污水处理厂北厂实际进水ＣＯＤｃｒ浓度１２３５ｍｇ／Ｌ，导致污水处理厂出水ＣＯＤｃｒ浓度１２５ｍｇ／Ｌ，超标０．２５倍；高密市第二污水处理厂由于个别工业企业偷排偷放强酸废水，导致菌种死亡，进水ＣＯＤｃｒ浓度最高达１００８ｍｇ／Ｌ，导致污水处理厂出水超标；寿光市污水处理厂进水水质合格，但出水ＣＯＤｃｒ浓度仍然超标。
在本次检查取样监测的４８座污水处理厂中，超标排污的１２座，占２５％。其中有３座污水处理厂因进水水质超标导致出水水质超标，桓台县环科污水处理有限公司进水ＣＯＤｃｒ浓度达到１０４５ｍｇ／Ｌ，氨氮浓度１９４ｍｇ／Ｌ，出水ＣＯＤｃｒ浓度２３３ｍｇ／Ｌ，氨氮浓度１１９ｍｇ／Ｌ，分别超标１．３３倍和３．７６倍；胶南市污水处理厂进水ＣＯＤｃｒ最高浓度达到１９７８ｍｇ／Ｌ，出水ＣＯＤｃｒ浓度２２０ｍｇ／Ｌ，超标１．２倍；烟台套子湾污水处理厂进水ＣＯＤｃｒ最高浓度达到１２１２ｍｇ／Ｌ，出水ＣＯＤｃｒ浓度３８８ｍｇ／Ｌ，超过排海标准（３３５ｍｇ／Ｌ）０．１６倍。宁阳县污水处理厂、莒南县污水处理厂、日照市第一污水处理厂、潍坊市坊子区综合污水处理厂、济宁市污水处理厂外排废水氨氮浓度超标。
４８座投运的污水处理厂有１２座实际运行率低于６５％。其中，宁阳县污水处理厂设计日处理能力２万吨，实际处理量不足５０００吨；滨州市滨北污水处理厂设计日处理能力２万吨，实际处理量不足６０００吨；泗水县污水处理厂设计日处理能力４万吨，实际处理量１．６万吨，其中还含有大量河水。