从广州市地税局获悉，对由总部统一领导经营的跨区域物流机构，企业所得税由总部统一缴纳，否则由跨区域物流机构就地缴纳企业所得税；其中物流企业总部（总机构）由地方税务局负责企业所得税征管的，其申请统一缴纳企业所得税由省地方税务局负责审批。
据介绍，近日，国家税务总局根据国家发展和改革委员会等九部门《印发关于促进我国现代物流业发展的意见的通知》的有关精神，按照企业所得税暂行条例及其实施细则的规定下发了《国家税务总局关于物流企业缴纳企业所得税问题的通知》。该文件规定：物流企业在同一省、自治区、直辖市范围内设立的跨区域机构（包括场所、网点），凡在总部统一领导下统一经营、统一核算，不设银行结算账户、不编制财务报表和账簿，并与总部微机联网、实行统一规范管理的企业，其企业所得税由总部统一缴纳。而不符合上述任一条件的跨区域机构，不纳入统一纳税范围，而是就地缴纳企业所得税。
统一缴纳所得税的缴纳步骤为，首先由总部（总机构）向所在地省级主管税务机关提出申请，经省级主管税务机关审核确认后，方才通知相关机关执行。