由于智能系统与绿色建筑共生同存，智能系统的功能、性能及运行成本是绿色建筑不可分割的一部分，绿色建筑要实现的大部分目标及实现方案都离不开智能系统，但是建设业中的智能系统与传统工业系统的工作环境和要求有很大差别，因而面临着许多新的课题。
绿色建筑的智能系统虽然其结构为多子系统组合的大系统，但建筑业对于监控管理系统则要求低成本，高可靠性。绿色建筑的智能系统大多是由没有专业技能的人群来直接操控的，因此，系统的人机界面不仅需个性化、可视化、更要人性化、简易化。绿色建筑中大量使用的检测器件，涉及到各类物理量、化学量、生物量，这些器件不仅要求长期准确可靠工作，而且成本要低。为实现低能耗与零能耗建筑，在能源与资源管理上，在区域能源供应方面，结合设备系统功能实行负荷预报控制与能源优化控制，尚需积累实践经验。对绿色建筑众多设备系统进行在线故障诊断，实行容错控制，以增强设备系统的安全性，保证居住使用者的便利，这需要进行实践与探索。