为贯彻落实十六届五中全会和全国科技大会精神，实施国家中长期科技发展规划纲要，进一步加强企业技术中心建设，促使企业成为技术创新主体，国家发展改革委、科技部、财政部、海关总署、国家税务总局等五部门研究决定，将在国家发展改革委等四部门联合开展国家认定企业技术中心工作的基础上，增加科技部，由五部门共同推进企业技术中心工作。
自2006年第十三批国家认定企业技术中心开始，由国家发展改革委、科技部、财政部、海关总署、国家税务总局共同认定国家认定企业技术中心。
科技部在2006年1月12日全国科技工作会议上宣布的118家国家认定企业技术中心将纳入第十三批国家认定企业技术中心的认定范围，并根据《国家认定企业技术中心管理办法》进行评价，达到标准的，享受国家认定企业技术中心的有关政策。
为加强对企业技术中心建设和发展的支持，各部门将分别按照各自职能和相关计划重点支持国家认定企业技术中心，国家发展改革委重点支持企业技术中心的创新能力建设，科技部重点支持企业自主研发活动和科研计划，形成共同推进企业自主创新工作的协调互动机制。