在行业组织现有改革和发展的基础上，如果更多借鉴日本和台湾的经验，则必须从以下几个方面构建我国未来行业组织管理模式的框架：
通过政府机构改革建立更综合性的经济贸易行政主管部门；
推广建立过渡性的行业组织促进机构，按行业划分标准和一业一地一会的原则整顿和调整现有行业组织，并积极发展新的行业组织；
确立工商业联合会作为区域性和全国性工商行业同业公会及其联合会的组织形态；
建立行业主管部门为主其他相关政府机构为辅的行业组织管理体系；
颁布行业组织法律或法规，明确行业组织的性质、职能、设立和入会原则以及内部治理结构，明确行业主管部门和其他政府管理机构的职能和权限及其与行业组织的管理和合作关系。
（一）关于综合性经济贸易主管部门的建立
在日台模式中，日本的原通商产业省和台湾的经济部作为综合性的经济贸易行业主管部门在行业组织管理体制中扮演着极为重要的角色，它们基本涵盖了工业、商业贸易（内外贸）和社会服务业。将这些行业组织最为集中的竞争性行业集中在一个主管部门统一管理，有利于发挥行政资源的规模经济、便于协调行业标准的制定和对行业组织进行合理布局以及贯彻国家的产业政策。
从行业组织管理的合理性出发，我国2003年的政府机构改革本应该将国家经贸委的国有企业管理职能分离出去，同时与对外经济贸易合作部合并组建经济贸易部，由此将工商领域的经济活动集中统一管理，建立类似日本的原通商产业省和台湾的经济部的综合经济管理部门。但这次机构改革却错误地将原国家经贸委直管的15家联合会及其代管的260余家全国性行业协会44这15家联合会是中国工业经济联合会、中国企业联合会、中国质量协会、中国包装技术协会、中国中小企业国际合作协会、中国商业联合会、中国
物流与采购联合会、中国煤炭工业协会、中国机械工业联合会、中国钢铁工业协会、中国石油和化学工业协会、中国轻工业联合会、中国纺织工业协会、中国建筑材料工业协会、中国有色金属工业协会。除了前5家，其余10家都是工商行业的塔尖性行业组织，它们被授权管理的中类行业协会数量达260余家。另外，原国家药监局主管的15家
医药类协会则由中国工业经济联合会代管。
整体划归为新成立的国资委。尽管这些行业协会最初的会员是以国有企业为主，但目前大多已经成了跨所有制性质的行业组织；同时，原经贸委的产业政策机构（包括其所属的行业协会办公室）被划归到发改委，由此，国资委作为一个履行国有资产管理职能的机构显然不适合主管如此众多的与其职能大不相关的行业及其行业组织。
由此，我们建议尽快调整政府机构，将商务部改组为经济贸易部，同时将发改委的产业政策司和经济运行局，建设部的住宅与房地产业司，以及信息产业部的电子信息产品管理司，国家旅游局，文化部的文化产业司和文化市场司，新闻出版署的图书、报纸期刊、音像和电子出版管理司以及出版物发行、印刷业管理司等相关行业管理机构也整合进来。同时要求省（直辖）市、（自治）区以及中等以上城市也建立相应的经济贸易厅局，行使相同的行业主管职能。
（二）关于建立过渡性的行业组织促进机构
在上述综合性经济贸易主管部门尚未建立之前，至少在2－3年的过渡时期，可以推广上海和深圳等地设立行业组织发展（服务）署的做法，由国务院成立专门的“行业组织发展总署”，统一负责对经济贸易类同业组织的政策、成立审核和成立后的发展服务管理等事务，与此同时，地方中等城市以上各级政府也应相应建立相同的机构。这类机构的一个重要的职能是按照或修改完善《国民经济行业分类与代码》，对现有分散在各行业组织部门的行业组织加以分类、调整并解散那些“休眠性”行业组织，并逐步理顺从县乡镇到市省及中央各级行业组织的纵向关系，使中央级的行业联合会真正成为有根的行业最高代表组织。这一机构还负有改组传统行业协会内部治理结构，使之能够吸纳各种所有制企业入会，为尽量避免一业多会可能产生的竞争，逐步做到一地一业一会。同时，该机构还应该在新兴行业鼓励和支持建立新的行业组织。
（三）关于工商业联合会（简称工商联）作为行业组织网络形态
与传统行业协会注重国有企业、大中型企业、传统行业和官气十足、高高在上、行业分割不同，全国各级工商联以二级行业商会的组织方式吸引了大量私营企业、中小型企业、新兴行业入会，而且这些行业商会（因全国工商联又名“中国民间商会”、地方工商联又名“总商会”、“商会”而得名）基本上靠自发产生，并由企业家治会，大量分布在县以下区域，具有很强的草根性和天然的行业融和性。如果排除掉工商联的统战性组织功能，恢复其历史本来面目（我们相信这是必然趋势），它的的确确就是标准的工商业联合会（既是经营者联合会，又是同业公会的联合会）。而且正是立基于其统战性，工商联在半个世纪里业已建立起了一张有机联动的全国性网络，这张网络无疑将把越来越多的非公经济主体网罗进来。因此，确立工商业联合会作为区域性和全国性工商行业同业公会及其联合会的法律组织形态应该是最现实合理的选择，而且能够跟国际接轨。这种合理性甚至合法性已经体现在工商联的章程之中。
要实现这一安排，必须转变以下两个观念：一是行业主管部门必然是行业组织的挂靠单位。行业主管部门可以依法从形式上审批行业组织的设立，可以监督指导行业组织的运行，并开展与行业组织的合作（资金补贴、委托部分管理职能、购买服务和信息传递），但完全没有必要对行业组织进行内部控制。至于行业组织的政治性控制，恰好是工商联的优势所在，执政党应该可以放心。二是工商联必须成为行业主管部门。首先工商联不具备管理行业的知识结构和行政资源，其次工商联本身就是民间商会，属于特殊社团法人，也不可能拥有行业主管机构的身份。目前工商联的行业主管部门之争源自现有社团法规的缺陷，因为依靠工商联成立行业组织，如果前者不具备行业组织地位，后者就无法在登记机关注册，并因此影响行业组织的正常运作。因此解决的办法就是在行业组织的法律中明确每一个行业组织（同业公会及其联合会）既要通过行业组织部门的审批并接受其管理，又必须在加入工商联作为其团体会员。
至于目前工商联系统内的行业组织与传统行业协会存在着同业竞争的问题，完全可以通过上述行业组织促进机构的协调来解决。但如果行业组织促进机构无法尽快建立并出色的工作，这种竞争就有其合理性并在一段时期内延续下去，而这并非工商联之过。
在中央一级，未来的工商联应该与中国国际商会合并成为中国的总商会。而且工商联与工业经济联合会（相当于日本的经团联）、中国企业联合会（相当于日本的日经联或其他发达国家的雇主协会）也不存在职能上的交叉。它们之间应该是相互合作的关系。
（四）关于行业主管部门和其他政府管理机构的职能分工
在未来的综合性行业主管部门未建立之前，而假设其过渡机构行业组织促进机构可能尽快建立起来，则在一段时期内，履行行业组织管理职能的行政机构及其分工可作以下大致安排
登记管理机构。主要负责行业组织的成立、变更、注销的登记和备案；实施年度检查；对违反相关法律法规的行业组织给予行政处分。
发展促进机构。主要负责全国或本地区行业组织的发展规划、布局调整、政策制定和协调管理；配合登记管理机构监督指导行业组织及其联合会遵守法律法规和国家政策；牵头会同现有政府行业主管部门以及国字头行业联合会和工商联负责行业组织的筹备申请、成立登记、变更登记、注销前的审查。要求行业组织定期提供业务报告书。
现存相关行业管理部门（如国资委、商务部等）。配合行业组织促进机构就行业组织的业态分类和新设立行业组织提出意见；听取行业组织的意见，研究行业组织提出的政策建议；支持行业组织的工作，与其起职能互补作用，共同推动相关行业的发展。
财政税收部门。完善行业组织的会计准则，对行业组织的免税资格进行审查，并对其不免税的业务确定税种和税率，同时通过审计监督检查行业组织是否遵守会计和税收制度。
反垄断机构，依据现有法律（如价格法、反不正当竞争法）对行业组织的卡特尔行为进行公诉和制裁。
（五）关于行业组织立法
在近几年中，建立《社团法》和《工商行业组织法》的可能性不大。建议国务院尽快启动《工商行业组织条例》的立法程序，把上述若干建议纳入法规之中。这里需要强调的一点是，该法规应该属于民法范畴，不拟实行强制入会制度。应该说，按照上述管理体制框架，现行的社团法规的基本制度得以保留，立法的难度被大大减弱了。