国家自然科学基金在我国自然科学基础研究中发挥着重要作用，争取国家自然科学基金的支持，是沈阳自动化所加强人才队伍建设，不断提高原始创新能力的重要手段。
2005年，沈阳自动化所共申请国家自然科学基金面上项目20项，重点项目1项，涉及3个学部，经过评审，5个项目得到面上项目资助。五个项目分别是“基于单相机的全向立体视觉系统研究”、“基于无穷维系统方法的微装配中力测量与控制研究”、“基于机器人化的纳米操作方法研究”、“具有通信迟延的遥自主行为研究”和“面向电子商务基于库存策略的能力批量问题模型与方法研究”。