包装印刷业经过20多年的发展，进步是令世人瞩目的，但问题也是客观存在和不容忽视的，主要存在于四个方面。
发展不平衡，东西部差距明显
由于我国经济发展不平衡，造成我国包装印刷业分布不均匀，发展不平衡。包装印刷业主要集中在长三角、珠三角等沿海地区，而西北地区则比较落后，粤、闽、浙、沪、苏四省一市的包装印刷总产值约330亿元，约占我国包装印刷业的52%左右，而西北部地区包括陕西、甘肃、宁夏、青海、内蒙古、新疆、四川、重庆、西藏、广西、云南、贵州等12个省市包装印刷总产值约为72亿元，占我国包装印刷总量的11%左右。东南部五省市的包装印刷产值是西部12个省、市、自治区的5倍左右。
而同在西部的这12个省、市、自治区之间差距也非常明显。政府有关部门近年的调查资料显示，云南省包装印刷产值是27.4亿元，陕西省是15.5亿元，四川省是10.6亿元，而宁夏仅0.1亿元，新疆是0.2亿元，西藏是0.26亿元，他们之间的差距有几十倍，甚至上百倍。东西部差距不仅反映在产值上，还反映在技术、装备、人才、管理、质量、经营理念等诸多方面。
据了解，由于这些差距的存在，西部资源丰富的药品、食品等产品包装及其印刷大多是到外地，特别是沿海比较发达地区进行加工制作。长途运输，成本很高，运输成本最终都要转嫁到消费者身上。发展不平衡还体现在一个地区内印刷方式之间，如云南省纸张凹印特别是烟包装印刷能力非常强，约有50多条纸凹印生产线，生产能力过剩。而塑料凹印、胶印、柔印生产能力不足，这些业务只能流失到其它地区。
企业创新能力不足
技术创新、新技术的应用，这在美国、德国等欧美发达国家都做得非常出色，他们在这方面不断有新的知识产权、新的技术、新的产品推出。而我国企业创新意识比较薄弱。在华东地区连续21年开展的行业质量评比活动，从前年开始为引导企业创新，特地增设"设计创意奖"、"新工艺(新技术)创新奖"、"新材料开发奖"等三个奖项，
以增强企业的创新意识，加大企业的创新力度。但非常遗憾的是从近两届华东地区质量评比和今年全国首届质量评比情况来看，得到这三个创新奖项的产品和企业少之又少，不足1%，三个奖项每年都空缺一、二个奖项，即使已获得这三个奖项的产品，真正拥有自主知识产权的也不多。这是我国包装印刷业与国际先进水平的主要差距之一，也是我们非常致命的一个弱点。
人才结构与专业结构不合理
我国包装印刷行业是从小作坊生产方式中脱胎出来的，因此从业人员中受过高等教育与具有中级以上技术职称的比例大大低于机械、化工、电子、汽车等行业，据了解，行业内一些知名大企业，其人才结构与专业结构也不合理，工程师、高级工的比例很低，不足4%。高级工程师、技师、高级技师更是凤毛麟角，同时大量-线生产技术工人得不到应有的专业培训，许多企业特别是中小民营企业，不愿在人才培训上投资，生怕培训后员工跳槽，投资无回报。因此采取只使用、不培训，竭泽而渔的用人办法。这大大制约了行业从业人员整体素质的提高，形成专业人才匮乏的局面。
目前，我国虽然有包装工程学院和印刷院校，每年都培养一批专业技术人员进入这一行业，但因包装工程与印刷院校专业课程设置的时间并不很长，其合理性、实用性、专业性尚有待逐步完善。
精制产品生产能力不足，一般产品生产能力过剩
按包装印刷产品质量的国家标准，包装印刷产品可划分为精制产品与一般产品。目前，能按精制产品标准生产的包装印刷产品的比例并不高，据估计大约只占四成左右，这主要受到机械设备、员工技术素质、管理水平等诸多因素的影响与制约。
改革开放以来，人民生活水平有了很大改善。商品越来越丰富，商品之间的竞争也越来越激烈，过去那种一个品牌产品独霸市场、长盛不衰的局面已一去不复返了。商品竞争，对体现商品品质、身价的包装及其印刷的要求也越来越高，这与目前我国包装印刷精制产品的生产能力不足恰恰形成一个反差。据云南、江西等有关方面提供的资料，这些省拥有丰富的土特产品资源，但缺少与之配套的精制包装印刷产品，造成每年都有十分可观的包装印刷业务外流，阻碍了本.地区精制产品生产能力的培育和印刷水平的提高，从而加剧了本地区精制产品生产能力与商品包装需求之间的矛盾。
目前行业中大量企业，特别是技术装备较低的民营企业，只能生产一般产品，致使低端产品竞争更加激烈，并通过互相压价来争夺有限的业务资源，造成整个行业盈利水平不断下滑，技术改造、设备更新能力更加低下，如此恶性循环，长此以往，将有一批低端产品的生产企业淘汰出局，而且还会拖累一批发展较好的企业。