改革开放以来，我国水路交通科技结合有关重大决策和工程项目的需要，在软科学、科技攻关、工业性实验、重大装备开发、标准规范制定等方面取得了丰硕的成果。目前，我国水运工程建设技术和国际集装箱运输技术总体达到国际水平，海运信息化技术也基本与国际接轨，但水运安全支持保障、内河航运、环境保护等技术相对落后，与国际先进水平差距较大。
面对新世纪，我国将建立起以世界先进技术装备的、安全、便捷、高效、环境友好、具有国际竞争力的水路运输系统，积极实施“海运强国”和“内河优势”战略，在我国国民经济发展和社会进步中发挥支撑和先导作用。
水路交通的现代化离不开科学技术，在技术进步日新月异的信息化社会，科技更加成为水路交通发展的巨大推动力。水路交通现代化发展在保障安全（包括国家安全）、提高运输效率和实现可持续发展等方面对科技提出了更高的需求。
根据《战略》确定的发展目标，到2020年，水路交通科技发展的主要设想是：建立一个完善的科技研究开发和成果应用推广体系，加快高新技术在水路交通运输中的应用与集成，在船舶交通安全管理、水上救助与打捞、集装箱多式联运和环境保护等技术领域取得重要突破，总体上达到发达国家2010年水平，在深水筑港、航道整治领域达到和接近世界先进水平，基本满足行业发展的要求，在实现安全、便捷、高效、环境友好的具有国际竞争力的水路运输系统中发挥重要作用，保障航运安全，增进人与自然的和谐，促进经济和贸易的增长，满足公共安全和国家安全需要。
按照《战略》凝炼的六大科研重点领域，未来20年我国水路交通科技研发的重点主要集中在管理和决策支持、水上安全保障、环境保护与可持续发展、基础设施建设、信息化智能化和现代化装备等领域。水路交通行业应当加强政策法规、战略、规划、市场运营机制和标准研究等工作，为管理和决策提供科学的研究方法和高质量的科研成果；要加强电子海图、船舶交通管理、AIS、水上立体搜救、深潜水打捞和现代化装备等方面的研究、开发和推广工作；要重点研究水运建设、生产的环境保护技术，特别是重大污染源的防治技术，并开展节能、新能源运输装备的研究和推广工作；要加强对我国水路交通基础设施建设面临的关键技术难题进行攻关，特别使对大型水运工程中的技术难题进行研究；要重点研究、开发和应用水运交通电子政务系统建设、水上安全管理系统建设，特别是要加强对集装箱多式联运的信息化和智能化的研究、开发和推广工作；要有选择地研究和开发现代水路交通装备，实现国产化。
“十一五”期间，要重点研究和攻克重大污染事故防治赔体系支持保障、水上安全与救助打捞、集装箱多式联运智能化、内河运输现代化和离岸深水筑港等重大项目和关键技术。
通过《战略》的实施，交通的技术创新和技术进步将有长足的发展，水路科技的研发和应用水平将全面提高，有力地保证实现水上交通安全监控智能化、搜救装备现代化、指挥系统信息化，降低水上交通事故死亡率，减少与水上交通有关的经济损失；提高深水筑港的研究、设计和施工能力，提高运输能力，降低水运基础设施造价、延长使用寿命，集成决策管理和信息技术，提高运输效率和服务水平，降低物流成本，增强国家竞争能力；减少水运建设与经营对自然环境的影响；有力地支撑建立我国海上安全运输通道，形成完善的港口保安系统和海上通讯导航系统。