今年的浙江省“两会”开幕在即，民进浙江省委科研处准备提交的七个提案中，有一个关于“大力加强千岛湖水资源保护与综合开发”的提案。作为该提案的主要专家负责人，杭州师范学院生命科学学院教授周根娣认为，目前政府投入部分资金对千岛湖水质退化加以防范，比水体发生质变后，再投入大量资金进行治理更为有效。2004年，千岛湖大面积水域蓝藻暴发。随着该流域流动人口不断增加，污染物排放量增高，入湖污染负荷也相应增加，千岛湖部分区域出现富营养化(氮、磷等植物营养成分过量积聚，致使水体营养过剩，藻类等水生生物大量繁殖)明显加速的趋势。主要水体污染严重
该提案显示，导致千岛湖水质退化的主要原因是千岛湖流域旅游经济、工农业生产和水产养殖业等开发力度不断加大，形成大量的农业面源污染(农作物种植过程中，化肥、农药的过量施用导致的污染)、工业废水和生活污水，以及垃圾入湖量大、水土流失严重等现象。
其实，遭受污染的不仅是千岛湖，近年来，长江、黄浦江、太湖等长三角地区主要水体均出现严重污染。
浙江省环保局公布的2004年度环境质量状况称，由于工业排放的污染源增加、降水减少，2004年地表水水质明显下降，平原河网和城市内河水质污染严重，湖泊存在不同程度的富营养化现象。当年7月下旬至8月底，钱塘江流域水质富营养化严重，流域内部分区域首次暴发了蓝藻。
去年12月，江苏省13个省辖市环境监测中心站对饮用水源地的水质进行例行监测，按照《地表水环境质量标准》Ⅲ类标准进行评价，13个省辖市市区超标水量所占比例在32.5%至21.5%之间徘徊。
长三角地区的水体污染情况已引起政府部门及业内专家的关注，并被认为可能制约该地区的经济发展。
同济大学环境科学与工程学院环境科学系教授李建华表示，经济发展与地区可用水的水量成正比，因污染造成的水质型缺水，将影响地区经济发展。
在去年11月举行的长三角16城市市长峰会上，“水荒”与“电荒”、“地荒”一起被列为影响长三角地区进一步发展的三大隐忧。跨行政区治理是关键
水利部太湖流域管理局局长孙继昌曾表示，要解决水质型缺水，治污是根本。而李建华认为，治污最关键的是省界河流污染治理。
据上海青浦区农委水产办公室处长钱伟明透露，造成淀山湖污染的部分原因来自于上游的江苏地区。青浦区现已关停了部分工厂，新开办的工厂也受到严格限制，并且今年还要取消网箱养鱼。“但如果不解决上游的污染，淀山湖的污染无法彻底清除。”
周根娣也表示，千岛湖上游——安徽省两市五县沿流域修筑杭徽、杭千高速公路，开发工业园区，形成大量生活垃圾下泄，这也是造成千岛湖污染的重要原因。
杭州市环保局副局长刘国才称，千岛湖60%位于安徽省境内，两省交界处的监测站监测数据也表明，从上游流下的水质并不稳定，往往出现大量生活垃圾“顺水而下”。
为治理省内主要水体的污染情况，浙江省政府常务会议于日前通过了《浙江水资源保护和开发利用总体规划》，在国内率先实行跨行政区域河道交接断面水质管理制度，在全省主要河流的跨行政区域交接断面设立监测点，由当地行政首长直接负责辖区河道的水质治理，以此抑制污染从上游向下游的逐级转移。但省际间的河道交接断面水质管理，并不适用于此规定。
由于千岛湖涉及到安徽、浙江、福建和江西四省，刘国才表示，现在最迫切需要解决的是跨流域协调机制，要根据生态功能区划而非行政区划来开展水资源保护工作。