作为一种标准的蛋白质分析工具，双向凝胶电泳随着蛋白质组学市场的不断扩大而焕发着全新的活力。尽管该技术存在着费时、费力的缺陷，但它与其他技术的兼容能力使其不但没有被历史所淘汰，而是依然不断发展。
来自Frost & Sullivan研究机构的最新分析报告“World Two-Dimensional Gel Electrophoresis Markets”显示，2003年度双向凝胶电泳的全球市场份额总计为三亿一千三百万美金，预计2010年将达到七亿一千七百万美金。
该机构的产业分析员Sinead Igoe表示，“许多研究人员承认由双向凝胶电泳获得的实验数据的质量要优于采用其他技术而获得的数据质量。但是，经常会发生这样的情况，也就是研究人员不会采用完整的分析手段，而是选择其一”。
譬如：研究人员可以通过双向凝胶电泳技术与液相色谱技术联用而得到完整的实验结果，但有时候研究人员只是选择其中之一，而这时双向凝胶电泳往往会被放弃掉。毫无疑问，这样也对双向凝胶电泳的销售市场产生了负面的影响。
随着研究人员逐渐意识到采用完整技术，同步分析的优越性，他们就有可能在资金投入方面做出有利于蛋白质组学市场的选择。这一趋势目前不仅在美国，在加拿大、英国也正在逐渐显现。
此外，另一个使得双向凝胶电泳技术应用日益广泛的因素是，通过图像分析和数据挖掘（data-mining），从而可获得大量的信息。
随着对分析精度要求的日益提高，对完整解决方案的需求也是与日俱增，科研人员都期待着能使用双向凝胶图象分析软件来对通过其他分析技术获得的实验结果进行分析。
Igoe进一步补充，“凝胶图象对比和图象存储功能使得研究人员能够获得高质量的实验信息，进而可以对特定样品进行分析”。
然而，尽管研究人员认识到了由双向凝胶电泳图象分析得出的数据的重要性，但是在深入了解双向凝胶电泳技术（包括分析软件）的最新发展发面依然显得犹豫不决，而这一点对于新技术的推广应用显然是不利的。
尽管研究人员对于双向凝胶电泳技术出色的分析效果没有异议，但在分析过程中所花费的时间以及分析难度却常常令人沮丧。
为了增强研究人员使用双向凝胶电泳技术以及相关软件的信心，相关厂商应该与最终用户保持密切的联系，为他们提供充分的技术支持以克服在使用该技术的过程中遇到的许多困难，并满足不同层次的需要。