国家“九五”生物技术和
医药卫生领域科技攻关计划取得重大突破。5年间共取得科技成果500余项，其中近百项获国家、省部级科技成果奖励，申请国内专利千余项，国际专利百余项，培育了一大批科技型企业，创产值近百亿元，推动了我国中药现代化和生物医药、生物医学工程产业的快速发展。
随着国内外生命科学和生物技术等的飞速发展，我国医药领域在2001年也取得了长足的进步。提前完成了我国所承担的“人类基因组计划”中的1%测序任务，在国际上率先完成钩端螺旋体、表皮葡萄球菌、腾冲嗜热菌、弗氏志贺乐菌等微生物全基因组精细测序；并于2001 年10月参加了人类脑计划第四次会议，成为第20个参加此国际计划的国家。到目前为止，中国科学家在功能基因研究和基因组多样性研究领域共完成论文1850篇，其中2000年近300篇，遍及医学各领域，并向药学、环境医学和法医学渗透，研究手段和水平可与国际先进水平媲美，中国完全有条件在“后基因时代”的舞台上成为主角之一。
纳米医药及干细胞技术的研究也有惊人的进展，多家医药企业开始研究纳米技术在医药领域的应用，研发出多种纳米药物，并已投入市场，如广谱速效纳米抗菌颗粒、速溶首乌粉、甘草微胶囊等。而在干细胞技术与治疗性克隆研究方面已达到国际先进水平，成功解决了干细胞的获取、分离、筛选、保存、培养、繁殖等技术，并且干细胞技术已用于临床多种疾病的治疗，尤其是造血干细胞治疗白血病效果显著。
近年来，我国在一些疾病的诊疗上取得了较大的成就，基因治疗取得突破性进展，5个方案进入临床试验，基因治疗载体系统的研究成果申报了国内外专利。疾病相关基因的研究也取得了突破性进展，已发现了神经性高频耳聋新的致病基因，遗传性乳光牙本质、人短指病的致病基因以及肝癌致病基因等。另外，第三军医大学“肝胆管结石及其并发症的外科治疗与实验研究”获国家科技进步一等奖，填补了连续4年国家科技进步一等奖医药方面的空白；帕金森病及脑血管介入治疗达到国际水平；共实施了3例肝肾联合移植，达到国际先进水平；研制出一批具有自主知识产权的新特药，如抗肝炎新药百赛诺以及治疗银屑病的国家一类新药恩博克乳膏等。
我国中医药学也取得了重大的进展，提出了用指纹图谱技术进行中药活性成分的量化研究的观点，此外中医中药在治疗肿瘤、心脑血管疾病以及肝纤维化等方面也取得了一系列的成果；中医药医疗、教学、科研体系基本形成，在人民群众的医疗保健事业中发挥着十分重要的作用；中成药的产业规模越来越大，年销售额已从1980年的近10亿元，增长到现在的400多亿元。
与此同时，医疗体制改革的不断深化、西部大开发的不断深入以及加入世贸组织，为我国医药市场的不断发展提供了更加广阔的营运空间。许多省市都把医药产业列为支柱产业，优先扶持和重点发展生物工程、基因工程、海洋药物、中成药、医疗器械等。医药工业总产值与进出口总额持续增长，创历史新高。医药企业经营向多元化、国际化发展，“大医药”格局初现端倪。卫生事业也已日益成为国家投资的主要取向和贡献率达到20%以上的重要支柱经济，而且还将继续以两位数字的增长速度高速发展。“卫生部十年百项推广计划西部行"启动，与西部十省（区）达成57项、次推广协议。
2000年医药工业总产值为2332亿元，比1999年增长20%；进出口总额64亿美元，比1999年增长16.4%，其中，出口总额38亿美元，比1999年增长13.8%，进口总额26亿美元，比1999年增长18.7%，出口大于进口12亿美元。
2001年上半年医药产业的增长有所放缓，全国医药工业总产值按可比价格计算完成1319亿元，同比增长15.9％。从进出口情况看，上半年医药商品进出口总额36.8亿美元，同比增长2 1％，其中出口总额高出进口总额4.8亿美元，但出口总额同比增长31.3％，明显高于进口额的14.7％的增幅。而中成药和药材出现进口增长快于出口的情况，其中进口成药和药材的增幅分别为23.4％和7.7％，而中成药增幅为15.9％，中药材出口则下降了5.8％。
健康卫生的现代消费理念，使我国抗菌材料制品市场呈现需求旺盛的态势，促进我国抗菌材料科研快速发展，使我国抗菌材料产业初步形成。目前我国抗菌材料研发单位有近20家，国内生产厂商和国外产品代理商超过20家，制品生产商超过300家；1999年抗菌剂产量150吨， 销售额1200万元，抗菌制品产值100亿元；2000年抗菌剂产量达到200吨，预计2005年发展到500吨的生产规模，抗菌制品产值达400亿元。