1、环节复杂
MES系统项目的实施牵涉到三个大的环节：人、产品（软件）和方法（行业解决方案）。三个环节环环相扣，只有其合力最大化才能使得系统实施的效果最优化。就“人”而言，众所周知，ERP因其所处的战略高度而被称为“一把手”工程；相对而言，因MES系统的特殊性和重要性，它的实施落地更应该成为“层层一把手”工程。
2、涉及部门多
MES系统涉及的业务和部门非常多，只有高层重视才能顺利开展。MES系统起着承上启下的桥梁作用，企业必须从上至下对MES系统项目给予高度重视，通过“层层一把手”将责任落实到位。除了企业决策层以及部门领导高度重视外，处于一线的员工也必须接受培训，从而加强企业内部管理业务流程的优化以及标准化工作等。此外，企业所有人员的融合参与也很重要。
3、容易产生误区
MES系统实施过程的一大误区是把它看作IT部门的事。事实上，MES系统应用必须由业务部门唱主角、IT做支持。工艺、计划、调度、管理及信息等各方人员的参与也很重要。对企业来说，MES系统实施过程中会涉及很多业务流程改造，从而导致系统实施的困难加大。
面对诸多困难，需要企业领导及各业务部门在深入理解信息化建设内涵基础上，由一把手亲自主持、参与系统实施，动员企业全体员工共同参与。企业实施MES系统后必须将企业管理、考核与MES系统很好地结合起来，避免事前事后两张皮的现象，这样才有利于MES价值的最大化。