1、详细需求分析
企业进行详细的需求分析，旨在使企业业务需求与实施的系统实现平滑的衔接，这是关键环节，避免为后期系统实施带来不必要的隐患。
2、需求变更管理
在MES系统实施过程中，负责人既要确保需求的实现，又要控制好需求的变更，尤其是在系统上线的前后，业务部门会提出很多变更需求，此时项目负责人必须坚信的理念是：“此时的80%以上的需求变更是可以不用响应的。”可以灌输“先固化，再优化”、“先强力推进应用，即便有问题也要用，但同时对业务部门所提出的需求认真的处理”的思想。处理的原则为收集、整理、分类、处理。
3、二次开发管理
企业要想科学的管理好“二次开发”项目，就必须从“源头”进行控制，即规范二次开发的需求分析。首先，判断是否需要进行开发，不需要二次开发范畴，做好说服工作；需要二次开发范畴，应该严格的按照软件工程的要求，同企业一起界定清楚二次开发的范围及目标，并进行详细的、无二意性的功能描述、开发进度安排、质量体系保证、开发成本及所需资源等。
其次，要加强开发过程控制，二次开发的主体既要严格按照项目管理的思路对开发从进度、质量和成本上进行管理和控制；又要按照软件工程的思路做好详细设计、代码开发、功能测试、集成测试等关键环节的工作，保证最终交付的产品是经得起用户的考验。
最后，处理好二次开发的验收工作。如果前期环节都执行到位，那么二次开发的验收工作就相对简单，关键除了否满足双方所约定的《二次开发需求报告》外，还要重点做好相关文档、相关代码的存档工作，并做好与之相应的实施、培训工作。
4、上线前策划
即MES系统正式上线前需要进行全面的评估，通过评估可以查缺补漏，确保一次上线成功。通常上线前的评估主要包括：需求分析、基础数据管理、系统配置与二次开发、系统接口、系统测试以及其他相关项目。
5、项目验收
正常情况下，项目需要在应用大致1-2月后再组织验收。验收分为纵、横两方面，纵向代表验收流程，横向代表验收内容，纵横两方面交错进行。
①验收流程主要是部门划分：生产计划→车间作业→库管→质量管理→设备部→工艺部。
②验收内容主要分为七部分：功能验收(包含二次开发功能)、流程验收、数据及报表验收、接口验收、培训验收、文档验收、其他验收。
MES系统验收结果通常分为：解决、变通解决、未解决三种情况。对于未能实现的内容，应该根据情况区别对待。
总结以上，一个MES系统软件项目的成功，需要多方的通力配合。