智能制造的广泛普及和应用，对MES系统提出了更高的要求，如实现柔性生产、可扩展性、开放性以及能够针对外界环境变化迅速重构、快速响应市场变化。因此，MES系统的标准化应当沿着以下展开的：体系架构的标准化、业务逻辑的模型化和标准化、信息结构的标准化。随着MES系统实施方法论的成熟，实施模式和评价策略也在逐步走向规范化和标准化。
1.MES系统体系架构标准化
建立MES系统标准体系架构时，要站在企业经营管理的高度，由顶向下规划MES系统的总体架构体系，并对模型下的每一个功能模块进行了定义。MES系统标准体系架构分为平台曾、执行层和业务层三部分，要求必须能实现整体过程协同和全局优化，实现不同厂商产品间标准化功能接口，提高MES系统对业务和管理持续变化的适应性。
2.MES系统业务逻辑的模型化和标准化
由于经营理念、开发目标、产品的成长基础和历程不同，MES系统和经营管理以及其他生产控制系统的边界往往很难清晰界定，导致系统之间和功能模块直接存在着较多的重叠。因此，MES系统厂商应该根据行业不同，把MES系统功能模块进行划分为生产运作管理、库存运作管理、质量运作管理、维护运作管理等4个功能区，并给出这4个功能区的详细活动模型
由于理念、出发点、产品成长基础和成长历程的不同，MES系统和经营管理及生产控制系统的边界往往很难划分清楚，软件系统之间、功能模块之间存在较多的重叠。因此ISA和 ISO/IEC 避开MES系统边界到底在什么地方的争论，针对更广义的制造自动化系统构建参考模型。
MES系统的业务逻辑标准详细定义了系统功能组成及各功能模块之间的相互关系，各厂商的MES系统系统在实现与外部系统的集成时只要满足标准定义的功能关系和数据接口关系就可以实现标准的集成。
3.MES系统的信息结构标准化
在功能模型的基础上分析了MES系统相关的主要信息类型，辨识出MES系统应该主要考虑的职员、设备、物料、工艺段、生产能力、产品信息、生产计划和生产绩效等8个对象，使用UML定义了这些对象的模型并给出了相应的类及其属性表。采用通用的信息技术标准，实现信息交换机制和交换方式。
4.MES系统的实施模式和评价策略标准化
主要给出了制造MES系统的实施策略和规范，包指MES系统实施组织架构、实施过程中各阶段的作业规范、过程规范。为导入MES系统的企业和MES系统供应商进行产品咨询服务和实施提供有效的依据。
评价策略的标准化主要定义MES系统投入使用后产品运行的稳定性、 数据的准确性、响应的及时性、数据完整性等技术性能评估方法和指标以及售后服务方式，为企业对MES系统软件产品性能评价提供方向工具，也作为MES系统供应商的售后服务指导方案。